Первые несколько дней войны в Вильнюсе и Каунасе функции военной власти исполняли командиры соответствующих военных подразделений вермахта. Но вскоре были созданы немецкие военные полевые комендатуры (Feldkommandanturen): 749-я[11], 814-я — в Вильнюсе, 821-я[12] — в Каунасе. В их подчинении были срочно созданы местные комендатуры (Ortskommandamnturen). При военных полевых и местных комендатурах также действовала и немецкая полевая полиция (полевая жандармерия). Главное предназначение немецких военных комендатур было вместе с местной национальной полицией обеспечение порядка и безопасности на занятой территории.
Таким образом, в Вильнюсе и Каунасе с соответствующими территориями действовали приказы и распоряжения одного содержания и был установлен одинаковый немецкий военный порядок управления. Немецким военным учреждениям были приданы все литовские полицейские органы как в Вильнюсе и в Восточной Литве, так и в Каунасе и в западных районах Литвы (включая Кайшядорский, Укмяргский, Утянский, Зарасайский уезды).
В некоторых уездах Литвы литовская полиция создавалась по распоряжению немецких властей. Так, в Лаздияй немецкий военный комендант 24 июня 1941 г. приказал организовать литовскую вспомогательную полицию>{13}. В Утянском, Зарасайском, Укмяргском, Рокишкском уездах коменданты вермахта утверждали численность и границы деятельности литовской полиции>{14}.
Части вермахта и вместе с ними прибывшие оперативные группы (SS Einsatzgruppe) немецкой полиции безопасности и СД[13] старались подчинить себе вооруженные отряды литовцев, воссоздающуюся литовскую полицию безопасности и полицию общественного порядка и координировать их деятельность в нужном направлении. Прибывшая в Каунас оперативная команда 3/А (SS-Einsatzkommando 3/А) штандартенфюрера СС Карла Ягера (Karl Jäger) начала командовать местными вооруженными отрядами, а оперативная команда 9/Б (SS-Einsatzkommando 9/В) оберштурмбаннфюрера СС Освальда Шафера (dr. OswaldSchaefer) в июне 1941 г. в Вильнюсе забрала у вермахта под своё руководство созданную местным самоуправлением полицию.
Первым руководителем военной администрации Вильнюса был командир занявшего город военного подразделения подполковник Карл фон Остман (Karl von Ostman). Около недели он был верховным и неограниченным представителем Германии в Вильнюсе и его уезде. Своим первым приказом от 25 июня 1941 г. К. фон Остман ввёл военное положение>{15} и запретил любое хождение и движение жителей с 9 часов вечера до 5 часов утра (по германскому времени) в Вильнюсе и от захода солнца до восхода — в деревнях. В то же время было декларировано сотрудничество между немецкой военной властью и ГКВУГ в издании приказов и распоряжений. Ответственными за поддержание порядка были назначены сотрудники полиции и охранный отряд из литовских активистов. Активисты должны были на рукаве носить белую повязку со свастикой и печатью
