Соратник Мартина Лютера Филипп Меланхтон (1497–1560) заложил основы новой образовательной системы, за что его прозвали «учителем Германии». Меланхтон реформировал «латинские школы» (в которых изучали латынь), учредив высшую школу (нечто вроде лицея), служившую переходным звеном между «латинской школой» и университетом. Там преподавали латинскую литературу, риторику и диалектику, математику и греческий язык. Он же написал множество школьных учебников, в частности грамматику греческого и латинского языков, которые использовались вплоть до XVIII века, в том числе и в католических школах.
В Страсбурге в 1538 году появилась первая гимназия, которую ее ректор, известный гуманист Иоганн Штурм, превратил в престижное учебное заведение. Его методики с успехом применялись во многих других школах.
Кроме того, педагоги-протестанты утверждали главенствующую роль семьи в воспитании и образовании детей. Их усилия довольно быстро начали приносить плоды. Когда пятнадцатилетний Феликс Платтер в 1552 году явился из протестантского Базеля в католический Монпелье, чтобы поступить на медицинский факультет местного университета, он знал латынь настолько хорошо, что мог сочинять на ней стихи. Его домохозяин, аптекарь Лоран Каталан, с грехом пополам изъяснявшийся на латыни и пораженный тем, как глубоко его постоялец знает Священное Писание, спросил, откуда у него такие познания, и юноша ответил, что его всему научил отец.
Преподаватели голландских «латинских школ» XVII века жаловались на отсутствие у молодежи тяги к знаниям. К концу столетия они находились в полном упадке в небольших городах; французский вытеснял латынь, государственной «латинской школе» предпочитали школы частные, открываемые французскими иммигрантами, или услуги гувернеров-швейцарцев.
В XVII столетии большое распространение получили коллежи (фр. collège). Если средневековые школы давали своим ученикам лишь умение говорить и писать на латыни, немножко сведений из областей права и прикладной логики, арифметики и календарной астрономии, фантастическую географию и очень много пения, в коллежах начинали с грамматики, хронологии, поэтики и риторики, а вершиной обучения являлось богословие. Философия заменяла собой все науки: в нее входили математика, физика, механика. Кроме того, большое внимание уделялось физическому развитию: верховой езде, фехтованию, танцам. И, разумеется, катехизису.
В протестантских коллежах изучали латынь, греческий и иврит, тогда как иезуиты, руководившие большинством католических коллежей, делали акцент почти исключительно на латыни. «Ректор примет меры к тому, — говорилось в учебном плане Клермонского коллежа во Франции, — чтобы латинский язык всегда употреблялся в классах между учениками. Они могут отступать от этого правила лишь в выходные дни и в часы отдыха. Притом провинциал вправе принять решение о том, чтобы и в эти дни и часы использовать в обиходе латинский язык».
