Впрочем, власти быстро поняли опасность утечки мозгов и приняли меры. Например, в 1349 году Флоренция запретила своим гражданам учиться где-либо еще, кроме своего университета. В 1407 году аналогичный запрет издало правительство Венецианской республики: отныне ее подданные могли посещать только Падуанский университет (Падуя была аннексирована двумя годами ранее). Но эти запреты пошли на пользу делу образования, поскольку способствовали возникновению и развитию новых университетов — например, в Сарагосе, Валенсии, Гранаде, Турине, Галле или Геттингене. Если в 1300 году в Европе насчитывалось в общей сложности полтора десятка высших учебных заведений, за два века их число увеличилось до семидесяти.
Реформация придала новый толчок «академическим странствованиям». В 1523 году Густав Ваза изгнал из Швеции датчан и стал королем, основав новую династию. Населению страны навязывали лютеранство, и университет Упсалы, на какое-то время превратившийся в оплот католицизма и потому потенциально нелояльный властям, быстро опустел. Студенты теперь отправлялись учиться в протестантские университеты Германии, предпочитая Виттенберг. В 1593 году общее собрание студентов и преподавателей в Упсале постановило полностью «перековаться» и превратить университет в кузницу кадров для лютеранской церкви. Сын Густава Вазы, впоследствии взошедший на трон под именем Карла IX, даровал университету новые привилегии.
Жан Кальвин, отрекшийся от того, чему его учили на богословском факультете Сорбонны, и посвященный в доктрину Лютера во время изучения права в Орлеане, принес знамя Реформации в Женеву, которую сделал бастионом кальвинизма. В местном университете даже лекции читали на французском языке, а не на латыни. В 1536 году подрывные сочинения Кальвина распространились по французским провинциям и Испанским Нидерландам. В Дуэ был основан университет, который должен был стать католическим противовесом Женеве и привлечь к себе франкоязычных студентов, которые до того отправлялись в Париж или Орлеан. Правда, лекции там читали на латыни. Благодаря этому в Дуэ могли преподавать английские профессора-католики из Оксфорда, отправившиеся в изгнание, после того как Генрих VIII порвал со Святым престолом.
Во избежание дурного влияния кальвинистов французские власти предписывали землякам, желающим получить образование, учиться на родине. Молодых католиков из Германии, Голландии, Шотландии, Ирландии и Англии с распростертыми объятиями принимали в Лувене, Париже, Саламанке, Риме и Кёльне. Между тем французские протестанты пробирались в академии Женевы, Базеля, Гейдельберга и Лейдена. В 1621 году, во время первого похода Людовика XIII против гугенотов, в Лейденском университете училось сразу 50 студентов-французов (22 изучали философию, двое — право, трое — медицину, 17 — богословие и шестеро — точные науки), хотя обычно их было полтора-два десятка
