Пока Лютер, изгнанный из Священной Римской империи и отлученный от Церкви, переводил Библию на немецкий язык в замке Вартбург, под покровительством основателя Виттенбергского университета курфюрста Фридриха Саксонского, Меланхтон заложил основы лютеранской теологии. После смерти учителя он возглавил лютеранскую церковь.
Ученики неистовых профессоров, провозглашавших новые идеи или боровшихся с ними, должны были решать, на чьей они стороне, тем более что Реформация вышла далеко за рамки богословских споров. Вопрос о вере стал важным инструментом международной политики и развязал кровавые братоубийственные войны.
В ночь с 17 на 18 октября 1534 года на улицах Парижа и некоторых других французских городов, в частности Тура и Орлеана, были вывешены оскорбительные и подстрекательские плакаты против евхаристии (причащения), сочиненные пастором из Невшателя Антуаном Маркуром. Он был ярым последователем Жана Кальвина, еще одного противника и обличителя католичества. Один такой плакат очутился даже на двери королевской спальни Франциска I в замке Амбуаз, что было вызовом «христианнейшему королю», «старшему сыну католической церкви». До сих пор он довольно терпимо относился к реформистам, но теперь перешел к более жестким мерам. Публично заявив о своей приверженности католической вере, король приказал разыскать и схватить виновных. Запылали костры.
Эти казни оттолкнули от Франциска I немецких государей, покровительствовавших Реформации, тогда как он хотел заручиться их поддержкой и создать лигу против императора Священной Римской империи Карла V. Протестанты стали уезжать из Франции; Кальвин обосновался в Женеве и открыл там университет.
В том же году английский король Генрих VIII порвал с Римом, при поддержке парламента провозгласив себя главой церкви Англии, и в Оксфорд и Кембридж устремились студенты, не желавшие терпеть над собой власть папы. Этот процесс усилился при его сыне Эдуарде VI (1547–1553), продолжавшем реформировать церковь в кальвинистском направлении.
В университетах главенствующее положение занимал теологический факультет, а потому вопрос веры был жизненно важен. Выбор между католичеством и протестантством университетское руководство делало, сообразуясь с политикой государства; студенты и преподаватели, которые были с ним не согласны, уезжали в другие страны. Так, в 1540 году полсотни членов университетской общины Лувена в Испанских Нидерландах были преданы суду инквизиции; знаменитому фламандскому географу Герарду Кремеру (Меркатору) (1512–1594) пришлось бежать. Три десятилетия спустя, когда протестанты Нидерландов восстали против жестокой диктатуры герцога Альбы, их предводитель Вильгельм Оранский осадил Лувен. Жители города согласились открыть ему ворота в обмен на обещание их не грабить; взбешенный герцог пригрозил репрессиями. Не дожидаясь, пока он выполнит свои угрозы, студенты и профессора сбегали один за другим. В 1578 году королевский гарнизон под предлогом защиты университета от оранжистов обложил его данью и осадил дом ректора. Тогда сбежали последние, и через два года от университета осталось одно название.
