Почти тотчас к смерти были приговорены 400 чехов — в основном бывшие офицеры, интеллигенция. Арестовано было в десять раз больше, но, по мнению Гейдриха, следствие шло слишком медленно. Он распорядился отправить арестованных в концлагеря, чтобы их там просто убили при попытке к бегству.
В декабре 1941 года Гейдрих доложил в Берлин (его сообщение перепечатали на спецмашинке с крупным шрифтом и показали фюреру), что он уничтожил основные группы сопротивления, включая советских диверсантов, сброшенных с парашютами.
Все эти репрессии официально преследовали сразу две цели: бесперебойную работу чешской военной промышленности, считавшейся одной из лучших в Европе, и создание на территории Чехии образцового государства СС. Чтобы основная часть населения поддержала действия нацистских властей, Гейдрих предпринял ряд достаточно умных действий. Он создал на чешских военных заводах профсоюзы, увеличил нормы питания для ключевых категорий работающих в оборонной промышленности, разрешил бесплатно раздать 200 тысяч пар обуви через рабочие советы. 1 мая было объявлено в Чехии праздником, на предприятиях распространялись бесплатные билеты на футбол, в театры и кино. Большая часть населения «клюнула» на такое заигрывание, и Прага стала спокойным идеальным местом, откуда можно было осуществлять связь с Гессом: почти постоянно находившийся там шеф РСХА, руководя работой своей службы, мог отправлять и получать большое количество шифровок и встречаться с различными людьми, не привлекая особого внимания иностранных разведок.
Чтобы затруднить Гессу связь с Рейхом, англичане решили убрать Гейдриха. Очень кстати оказалось его назначение руководителем «решения еврейского вопроса» — теперь все сочтут, что Гейдриха убили за осуществление геноцида, и никто не догадается об иной причине теракта. Это объяснение наверняка обсуждалось в английской спецслужбе и вполне могло быть принято в качестве запасного варианта. Главный же вариант был разработан более умно и хитро.
Президент Чехословакии в изгнании доктор Эдуард Бенеш попал в трудное положение из-за того, что его трудолюбивые соотечественники ударным трудом помогали Вермахту. Получалось, что чехи не только смирились с немецкой оккупацией, но и производят оружие для нацистов. Эта ситуация не устраивала ни СССР, ни англичан, ни чешское эмигрантское правительство. Бенеш боялся, что Москва и Лондон припомнят ему все это после войны — тогда мнение чехов просто не захотят слышать, все решат без них и Чехословакия больше не вернется на политическую карту мира, т. к. победители не простят чехам фактического союза с нацистской Германией. Поэтому Бенешу очень нужно было показать странам антигитлеровской коалиции, что чехи тоже сражаются против общего врага.
