После смерти Павла Первого обитатели богадельни продолжали пользоваться щедростью императора, хотя ни Александр Первый, ни другие императоры уже никогда не являлись Генерал-адмиралами. Так, с 1802 года отопление дома взяла на себя Придворная контора, выделявшая на эти нужды 590 саженей дров (поленья общей длиной 1256,7 метра) ежегодно. На 1804 год численность семейств инвалидов достигла 120, при общей численности призреваемых 360. Еще 45 семейств жили вне дома.
В ходе перестройки здания в 1806 году была улучшена обитаемость — отхожие места перевели в другой корпус, в здании богадельни появились аптека и лазарет. На торцах возвели портики в дорическом стиле.
Между тем на 1807 год перенаселенность здания стала настолько очевидной, что Морскому министру пришлось принять решительные меры. Преимуществом стали пользоваться те очередники, «кто долговременною и беспорочною службою и бедным состоянием более других обращает на себя внимание». Вдовам офицеров было рекомендовано просить об определении во вдовьи дома. При родителях оставлялись лишь несовершеннолетние дети, а остальные — удалялись. Решено было также «исключить и высылать из Корпуса дурною поведения инвалидов, и таковые же семейства их».
В 1840-х годах у некогда одноэтажного здания появились мансарды — там располагались жилые помещения служителей Инвалидного дома. Число призреваемых постепенно выросло до 200 человек (в их числе могли быть и семейные инвалиды).
В декабре 1870 года император Александр Второй утвердил «Устав о призрении инвалидов Морского ведомства», касавшийся Инвалидного дома.
Право на поступление в Инвалидный дом было закреплено за отставными нижними чинами, которые, в силу полученных на службе ранений и увечий, а также преклонных лет и расстроенного здоровья, были «лишены возможности снискивать себе средства к жизни собственными трудами». Это правило не распространялось на тех, кто получал пенсию в размере от ста рублей в год и выше, имевших неснятый штраф по суду, лишенные призрения за дурное поведение, а также «страдающие прилипчатыми болезнями и лишенные рассудка»[63].
Инвалидов принимали в число призреваемых на основании собственного заявления «на простой бумаге, с приложением паспорта просителя и указанием места его жительства». Морское ведомство, удостоверившись в хорошем поведении просителя и недостатке у него средств, направляло кандидата на врачебное освидетельствование. Судя по всему, ярко выраженная инвалидность (говоря уже современным языком) вовсе не была обязательной, исходя из следующей фразы:
