Неудачи в войне с сепаратистами стали причиной государственного переворота. Малийские военные в ночь на 22 марта штурмом взяли президентский дворец в Бамако. Вместо свергнутого президента Амаду Тумани Туре власть взял Национальный комитет восстановления демократии и возрождения государства во главе с капитаном Амаду Саного. 12 апреля глава Национального собрания Дионкунда Траоре был приведен к присяге как временный президент Мали. На фоне этих событий отряды НДОА начали кооперироваться с исламистской группировкой «Ансар-ад-Дин», а также с
Движением за единство и джихад в Западной Африке (ДЕДЗА), связанным с «Аль Каидой в исламском Магрибе». За два с половиной месяца НДОА удалось взять под свой контроль всю территорию малийского Азавада. 6 апреля повстанцы-туареги объявили о создании на подконтрольных им северных территориях независимого государства.
Все это время Франция не проявляла никакой политической или военной активности в отношении малийского кризиса. Париж, вероятно, выжидал, делая ставку на недолговечность союза туарегов и исламистов ввиду явной нестыковки их политических установок: идеология НДОА — исключительно сепаратистская, «Ансар-ад-Дин» поставило задачу установления в стране законов шариата. Действительно, между союзниками сохранялись непростые отношения — от совместных действий против правительственных сил до периодических столкновений. В любом случае при серьезной поддержке внешних исламистских сил движению «Ансар-ад-Дин» к середине 2012 года удалось взять под контроль весь Азавад.
К концу года угроза создания исламского эмирата в Мали стала более чем очевидной для международного сообщества. 20 декабря 2012 года Совет Безопасности ООН принял решение направить 3,3 тысячи солдат многонациональных сил Экономического сообщества стран Западной Африки (ЭКОВАС) в Мали для помощи правительству в восстановлении территориальной целостности страны. Разведывательную и логистическую поддержку брала на себя Франция. Развертывание миротворческого контингента затягивалось, что было вполне обычным делом для операций под эгидой ООН. Но времени на раскачивание уже не осталось.
В ночь с 8 на 9 января 2013 года джихадисты сконцентрировали мощную группировку в 500 км к северу от Бамако для решительного наступления на юг страны. 10 января две колонны исламистов (150 вооруженных внедорожников с десантом) двинулись вдоль реки Нигер к городам Мопти и Сегу.
Дионкунда Траоре в отчаянии обратился за помощью к французскому президенту Франсуа Олланду и немедленно получил положительный ответ. Социалист Олланд, победив на выборах в мае 2012 года внешнеполитического «ястреба» Николя Саркози, более всего хотел дистанцироваться от курса своего предшественника на восстановление жесткой политики генерала де Голля во взаимоотношениях с бывшими колониями. Но повторилась та же история и с другим президентом-социалистом Франсуа Миттераном, который так хотел избавиться от военных интервенций как главного инструмента африканской политики Парижа. Захват Мали исламистами грозил обрушением всей системы безопасности в регионе и напрямую угрожал интересам Франции. У президента Олланда просто не было другого выхода. Приказ начать военную интервенцию французской армии (операция Serval) был отдан.
