Очередное усиление французской группировки в Чаде произошло только через двадцать лет. В 2005 году гражданская война вспыхнула с новой силой. Повстанцев поддержало правительство Судана, Идрис Дэби, в свою очередь, оказывал значительную помощь антиправительственным группировкам суданского Дарфура. Таким образом, гражданская война в Чаде стала одновременно и «опосредованным» чадско-суданским вооруженным конфликтом. 13 апреля 2006 года повстанческие отряды Объединенного фронта за перемены в предрассветные часы атаковали Нджамену. Им удалось захватить здание Национальной ассамблеи, но закрепить успех они не смогли. Армейские части выбили повстанцев из столицы, 370 боевиков были убиты, более 270 взяты в плен. В этот раз вмешательство французской армии не потребовалось. Однако в апреле 2006 года Париж увеличил свою группировку в Чаде до 1,5 тысячи военнослужащих. С декабря 2007 года часть этих войск была включена в европейскую миротворческую миссию в Чаде и ЦАР под мандатом ООН EUFOR Tchad/RCA (мандат миссии истек 31 декабря 2010 года).
Но зимний рейд повстанцев на Нджамену в 2008 году едва не стоил Идрису Дэби президентства. 28 января более 300 пикапов с десантом пересекли чадско-суданскую границу, 1 февраля правительственные войска попытались остановить повстанцев у Массагета (50 км от столицы). В этом сражении повстанцы понесли тяжелые потери, но большая часть их колонн обошла армейские позиции и ворвалась 2 февраля в столицу с севера. Две тысячи боевиков захватили большую часть города и блокировали президентский дворец. Дэби отказался от предложенной французами эвакуации. После трех дней тяжелых уличных боев с применением танков и ударных вертолетов боевиков удалось выбить из Нджамены.
Шедшие им на помощь из Дарфура резервы (до 200 пикапов) были разгромлены. Важную роль в этом сыграла французская воздушная разведка. До и после битвы за Нджамену французские самолеты отслеживали передвижения противника. Авиагруппировка в том момент состояла из шести истребителей Mirage F1, трех тактических транспортников, двух разведчиков Breguet и трех вертолетов Puma. В ходе самого сражения за столицу французы (группировка в 1,2 тысячи человек) оказывали правительственным войскам логистическую поддержку, но в бои не ввязывались, если не считать перестрелки с повстанцами в районе аэропорта. Официально их главная задача заключалась в эвакуации иностранных граждан (1,3 тысячи человек). Однако по данным газеты La Croix, французские офицеры координировали действия чадских войск в сражении под Массагетом, а французский спецназ участвовал в уличных боях в столице. Последнее яростно отрицал министр иностранных дел Франции Бернар Кушнер. Тем не менее, минобороны Франции подтвердило, что 4 марта французский спецназовец был убит в перестрелке с суданскими войсками на границе, а также унтер-офицер 1-го полка морской пехоты погиб в засаде повстанцев. Всего же начиная с 1968 года в ходе различных операций в Чаде погибли 93 французских военнослужащих.
