Долгорукий решал важнейшие для того времени проблемы. И нельзя обойти стороной преодоления им глубокого кризиса, поразившего церковную иерархию Киевской Руси.
В 1147 году по воле великого князя киевского Изяслава Мстиславича, ярого противника Юрия, и по инициативе Черниговского епископа Онуфрия в Софии Киевской был созван церковный собор, на котором на митрополичью кафедру был избран Клим Смолятич. Собор считался неканоническим и всеобщей поддержки не имел.
После утверждения Юрия Долгорукого на великокняжеском Киевском престоле Клим Смолятич был смещен. В столицу Византийской империи Юрий направил послов, которые помимо известия о вокняжении Юрия Владимировича на Руси, передали его просьбу к императору Мануилу Комнину и Константинопольскому патриарху Константину IV Хлиарину о назначении на Русскую кафедру нового митрополита.
Император Мануил тут же признал Юрия в качестве законного Киевского князя. Византийский историк Иоанн Киннам писал, что Юрий (Георгий) «занимал первое место» (в другом переводе: «обладал старшинством») «между филархами (правителями) Тавроскифии (Руси)».
С именем Юрия Долгорукого связано появление на Руси ее главной святыни – Владимирской иконы Божией Матери. Когда Юрий правил в Киеве, патриарх Цареградский прислал великому князю образ Богоматери, написанный евангелистом Лукой. Икона была поставлена в девичьем монастыре, в Вышгороде, который в древности был удельным городом благоверной княгини Ольги. Андрей Боголюбский, покидая Вышгород, вывез чудотворную икону в Суздальскую землю. Для нее он возвел Успенский храм во Владимире, и с тех пор икона именуется Владимирской. Владимирская икона Божией Матери стала почитаться как заступница Русской земли и покровительница основанной Юрием Долгоруким Москвы.
В 1156 году из Константинополя прибыл на Русь новый митрополит Константин, поставленный в Киев согласно канонам Православной Церкви. Юрий Владимирович неутомимо стремился к единству Северной и Южной Руси. Сначала ему это удалось, но вскоре противники его, претендовавшие на великокняжескую власть, почувствовали, что сын Мономаха мечтает о единодержавии, и стали готовиться к войне. Княжеские междоусобицы усиливались.
К 1157 году против Юрия Долгорукого сформировалась мощная коалиция из южнорусских князей, лишь Святослав Северский не изменил Юрию. В поход на Киев готовились выступить полки Изяслава Давидовича, Ростислава Мстиславича Смоленского, Мстислава Изяславича. Великий князь принял вызов, война была неизбежной. Возвратившись в Киев, Юрий 10 мая 1157 года после пиршества у боярина Петрилы внезапно занемог, а 15 мая умер.
