Туманян, правильно оценив сущность кавказских событий 1905 года, писал с горькой досадой: «Занятые этой низкой и постыдной войной, мы очутились в стороне от освободительного движения в России». Тем не менее, он имел полное основание гордиться тем, что сумел «убедить поднявшиеся друг против друга народы, вложить мечи в ножны», и тем спасти многие тысячи жизней.
После поражения революции 1905 года снова наступила полоса реакции. По приказу царя и его чиновников тысячи людей были брошены в тюрьмы. Малейшего подозрения было достаточно, чтобы оказаться за решеткой. Активная общественная деятельность Туманяна, в особенности его участие в событиях 1905–1907 гг., привлекала внимание жандармерии, и за ним был установлен тайный надзор. Жандармские шпики следили за каждым его шагом. 28 декабря 1908 года Туманян был в гостях, а когда пришел домой, в полночь у него на квартире был произведен обыск, его арестовали и посадили в Метехскую крепость. В соседней камере сидел А. Исаакян.
Дело было поручено черносотенным министром Щегловитовым следователю Лежину, который не спешил с окончанием и действовал со всей суровостью.
В это время, весною 1909 года, в Москве происходили торжества, посвященные 100-летию со дня рождения Гоголя. Ал. Цатурян в письме из Москвы высказал пожелание, чтобы и армянские писатели приняли участие во всероссийском гоголевском празднике, хотя бы поздравительной телеграммой. Агаян на предложение редактора журнала «Мурч» Арасханяна о посылке телеграммы с горечью сказал: «Где армянские писатели? где наша литература? Вон наш Ованес уже несколько месяцев сидит в тюрьме. Дети остались, кормить некому. Завтра должны броситься в воду…»
Говорил он эти слова, и слезы светились в его добрых глазах. Он рассказывал, как на днях Лежин первый раз вызвал Туманяна на допрос, как об этом узнали его дети. Они, чтобы увидеть отца, караулили на углу улицы, по которой должна была вести его стража. Агаян, обращаясь к Арасханяну, сказал с грустью: «Да, правильно говоришь, надо что-то делать… Обязаны… смеяться сквозь слезы». Телеграмма была составлена и послана в Москву на имя юбилейного комитета.
Тем временем друзья усиленно хлопотали об освобождении поэта. Мария Марковна, которая пользовалась известным положением и благосклонностью со стороны высокопоставленных лиц, добилась приема у наместника. Она говорила о Туманяне, как о большом писателе. На ее доводы наместник отвечал: «Я охотно верю вам, что Туманян великий поэт, но это не мешает быть ему политически неблагонадежным человеком…» В июне 1909 года Туманян был освобожден из заключения, после того, как один из его ближайших друзей и покровителей Филиппос Вартазарян внес пять тысяч рублей в качестве залога. Туманяну было запрещено выезжать из Тифлиса.
