Амазонит для геолога и минералога пока представляет сплошную загадку. До сих пор совершенно неясно ни то, как он образуется, ни то, почему он так необычно окрашен.
Выше отмечалось, что амазонит встречается в центре пегматитовых жил. Это, конечно, очень показательно. Пегматитовая жила формируется за счет магмы, богатой летучими веществами; особенно много последних в остаточной части расплава — раствора, из которого кристаллизуются минералы, выполняющие центральную часть жилы. Отсюда неизбежный вывод об участии летучих веществ в образовании амазонитовой окраски. То, что существуют амазонитовые граниты, не противоречит сказанному; эти граниты встречаются в краевых частях массивов, где так же, как и в центре пегматитовых жил, могут концентрироваться летучие вещества. Непонятно другое, что вызывает зеленую окраску амазонита.
Окраска прозрачных веществ возникает в двух случаях. Во-первых, ее может вызывать ион какого-либо элемента — хромофора, интенсивно поглощающего те или иные лучи. Таким хромофором чаще является железо. Его ион поглощает красные лучи, и поэтому минералы, содержащие двухвалентное железо, голубовато-зеленые; трехвалентное железо соответственно окрашивает минералы в бурый или красный цвет. Очень сильный хромофор хром придает многим минералам ярко-зеленый цвет (изумруд) или ярко-красный (рубин). Второй тип окраски обусловлен ионами, которые сами не поглощают света, но нарушают правильность решетки кристалла, куда они примешаны. Подобные нарушения и служат поглощающими центрами. В большинстве случаев наличие примеси не влияет на решетку. Необходимо проявить эту примесь, что достигается путем облучения кристалла рентгеновскими или радиоактивными лучами. Экспериментально воспроизведены окраски каменной соли и кварца. Оказывается, окраска амазонита появляется именно после радиоактивного облучения. Однако и она вызывается примесью, но какой, пока не ясно. Первоначально предполагалось, что это рубидий — редкая щелочь, которая обычно концентрируется в составе летучих компонентов. Однако позднее выяснилось, что рубидий встречается не только в зеленых, но и другого цвета или вовсе не окрашенных полевых шпатах, поэтому от данного предположения пришлось отказаться.
В конце 70-х годов минералоги Ленинграда и Украины, специально изучавшие цвета минералов, установили, что цвет амазонита вызывается комплексом примесей и наибольшую роль играет примесь свинца, который создает в решетке нарушения, поглощающие красный цвет. Сильно влияют на окраску примеси железа и алюминия — поглощаются оранжевые и фиолетовые цвета. Весьма интересно, что в тех пегматитовых жилах, в которых встречается амазонит, находили и галенит — сернистый свинец.
