После подавления вторжения боевиков в Дагестан спецназ вместе с остальными войсками вошел в Чечню. Занимался он в основном разведкой, подменяя войсковую разведку. В последующем спецназ стал действовать как обычно — вести поиск, устраивать засады, совершать налеты на базы боевиков, досмотры с применением вертолетов, проводить операции по борьбе с мародерами. По оценкам тех, кто воевал в Чечне, в том числе и сотрудников ФСБ, доблестней спецназа ГРУ там не воюет никто. В апреле 2001 года 22-я отдельная бригада спецназа получила звание гвардейской — первая воинская часть, которой присвоено это звание после Великой Отечественной войны.
Части и соединения спецназа, участвующие в двух чеченских войнах
18-я отдельная рота спецназа Зб-й общевойсковой армии
33-й отдельный отряд спецназа 12-й отдельной бригады спецназа— был направлен в Чечню в середине января 1995 года;
173-й отдельный отряд спецназа (доукомплектованного личным составом 411-го отдельного отряда спецназа) 22-й отдельной бригады спецназа. Со 2 декабря 1994 года находился в Моздоке— разведорганы вели разведку в интересах войск (перед началом и во время штурма Грозного). С декабря 1994 в составе группы «Север» участвовала в уличных боях за Грозный, при проведении спецопераций высаживала десанты по всей территории Чечни. В январе 1996 года подразделения отряда под началом майора В. Недобежкина участвовали в операции по ликвидации бандформирований Радуева в с. Первомайское. Именно это подразделение приняло на себя удар прорывавшейся из кольца окружения группы боевиков общей численностью около 200 человек. Сорок пять спецназовцев отряда уничтожили в бою 85 боевиков. В ноябре 1996 года отряд был выведен из Чечни, но с марта 1998 года спецназовцы вновь начали выполнять специальные задания на территории Дагестана и Чечни;
281-й отдельный отряд спецназа 24-й отдельной бригады спецназа;
308-й отряд спецназа 14-й отдельной бригады спецназа;
370-й отдельный отряд спецназа 16-й отдельной бригады спецназа. С 13 января по 2 мая 1995 года находился на территории Чечни. Входе второй чеченской кампании военнослужащие отряда ездили в командировки на Северный Кавказ в составе других отрядов бригады;
503-й отдельный отряд спецназа 3-й отдельной бригады спецназа. В Чечне находился с января по июнь 1995 года;
584-я отдельная рота спецназа 205-й мотострелковой бригады. В Чечне находилась с мая 1995 года по декабрь 1996 года.
691-й отдельный отряд спецназа 67-й отдельной бригады спецназа.
