Возвращение философии ее «содержательного» статуса не означало возврата к прежней метафизике, ибо для Куайна не существует никакой «первой философии», т. е. не существует никакого априорного или опытного основания вне науки, на котором наука могла бы быть оправдана или рационально реконструирована и которое было бы более прочным и надежным, чем сама наука. Именно таким основанием пытались снабдить науку многие философы. Традиционная эпистемология, считает Куайн, должна быть отвергнута, ибо поиск подобных оснований для науки — безнадежное и пустое занятие. Однако мы ничего не теряем из-за невозможности иметь первую философию, ибо сама наука предоставляет нам как наилучшую на данный момент времени теорию о том, что существует, — онтологию, так и наилучшую на данный момент времени теорию о том, как мы познаем существующее, — эпистемологию. В представлении Куайна наилучшей на данный момент онтологией является физикализм, а наилучшей на данный момент эпистемологией — эмпиризм, поэтому научная философия должна быть физикалистской и эмпиристской.
Вместе с тем философы способны внести важный вклад в решение онтологических вопросов, стоящих перед наукой, если, конечно, они откажутся от претензии на постижение сущности Бытия с помощью априорных философских размышлений. Куайн едко высмеивает идею о том, что философы способны обнаруживать скрытые от науки сущности сквозь «перекрестия» своих интеллектуальных «перископов». Тем не менее он признает, что онтология, как философская дисциплина, может устанавливать, какие виды вещей существуют, хотя и делает это не напрямую и не в изоляции от науки. Поскольку наука воплощает все человеческое знание, именно она является лучшим руководством в вопросах существования. Поэтому главная цель философов — помочь ученым выявлять содержание мира. Онтология не занимается существованием отдельных вещей в конкретном пространстве и времени, она занимается вопросом о том, какие виды вещей существуют, т. е. ее первичной задачей является не установление, существуют ли, к примеру, единороги или черные дыры, а установление, существуют ли очень общие категории вещей вроде материальных объектов, психических феноменов или абстрактных сущностей. При этом Куайн отрицает наличие качественной разницы между вопросами существования, обсуждаемыми в науке (имеются ли простые числа больше 1000, существуют ли кварки), и вопросами существования, которые ставят философы (существуют ли числа, существуют ли материальные тела). Философские вопросы являются лишь более общими по характеру.
