6 декабря 1899 г. Макаров был назначен главным командиром Кронштадтского порта и военным губернатором города Кронштадта (6 декабря 1899 г. — 9 февраля 1904 г.). Обилие обязанностей не смогло отвлечь его от научных изысканий. Благодаря его поддержке на флоте началось внедрение изобретенного А. С. Поповым радио.
Главный командир Кронштадтского порта и военный губернатор города, ставшего столицей Российского флота, — должность высокая и почетная. К ней полагались дворец, экипаж и яхта. Но адмирал всегда являл высокий пример честности и бескорыстия. Из его изречений: «Определение морскими призовыми правилами денежного вознаграждения военных чинов за совершаемые военные подвиги не подходят к духу русского воинства. Призовое право занесено нам с запада, но корень его не соответствует почве. Русский воин идет на службу не из-за денег, он смотрит на войну как на исполнение своего священного долга и не хочет денежных наград за свою службу».
«Я считаю, что от призовых денег командиры не будут ни хитрее, ни искуснее, ни предприимчивее. Тот, на кого в военное время могут влиять деньги, не достоин чести носить морской мундир»
С. О. Макаров
При этом адмирал не был ни аскетом, ни трудоголиком. Разумное, трезвое, взвешенное отношение к своему делу и своевременный отдых — его кредо. «Военный человек в любой обстановке должен уметь и поесть, и поспать. Это тоже искусство, которое нужно в себе воспитать. Какой толк, что иной от усердия три ночи не смыкает глаз; ну, он тогда никуда и не годится. Тот хорош, кто при самом спешном деле сумеет выспаться». В другом месте читаем: «Тайна делать все и делать хорошо — есть тайна порядка распределять свое время. Порядок — это здоровье».
Макаров прекрасно понимал, какое значение для команды имеют хорошее питание и налаженный быт. Чего стоит его приказ от 1 мая 1901 г. «О приготовлении щей»: «Изданные постановления не мешают хорошему коку придать щам тот вкус, какой он желает, но они не допускают неумелого человека испортить хорошую провизию и дают удобства контроля над провизией и способом приготовления». Забота о простом матросе, как и для плеяды суворовских и кутузовских генералов, для адмирала Макарова остается одной из первоочередных задач: «Сбережение здоровья нижних чинов — есть важнейший долг не одних командиров, но и всех офицеров, и каждый в кругу своих обязанностей должен принимать все меры к тому, чтобы сохранить здоровье подчиненных ему людей».
