Получил назначение летчиком, а затем штурманом эскадрильи в строевую авиационную часть. Через год был назначен во вновь сформированный 68-й авиационный полк в Ленинграде. В этом полку комсомолец Эмиров был одним из самых молодых летчиков.
С первых и до последних дней войны с белофиннами он участвует в боевых действиях авиации. За мужество и отвагу, проявленные в боях, был награжден орденом Красного Знамени.
Когда началась Великая Отечественная война, Эмиров командует отдельной эскадрильей, участвует в боях против оккупантов на Крымском участке фронта. После тяжелого ранения три месяца находился в госпитале.
За успешное выполнение боевых заданий командования, отличные боевые успехи эскадрильи капитан Эмиров награждается вторым орденом Красного Знамени.
В июне 1942 года его назначили командиром истребительного авиационного полка. А в августе, когда враг рвался к грозненской и бакинской нефти, полк вошел в состав бомбардировочной 219-й авиационной дивизии и сопровождал бомбардировщики.
О напряженности боевой обстановки, разящих ударах летчиков полка говорят факты, приведенные в наградном документе.
«…За месяц полком проведено 776 самолето-вылетов на сопровождение бомбардировщиков и 8 на разведку, 23 групповых и 95 одиночных воздушных боев. В жестоких непрерывных схватках с истребителями противника летчиками полка за этот короткий период сбито 43 самолета противника».
Такой успех достигнут, как отмечается, «…благодаря отличному руководству храброго, бесстрашного летчика-джигита, энергичного командира капитана Эмирова, увлекавшего личным примером в бою летчиков полка.
Лично капитаном Эмировым за это время проведено 36 боевых вылетов, всегда сопровождавшихся воздушными боями с истребителями противника и эффективным прикрытием своих бомбардировщиков. А всего с начала участия в боевых действиях – 170 боевых вылетов, из них 42 – на штурмовку войск противника на Крымском участке фронта. Лично он провел 20 воздушных боев, в которых им сбито 5 самолетов противника, а всего с начала войны – 7».
Рассказывают такой эпизод. Прошли все сроки, а командир эскадрильи Эмиров не возвращался с боевого задания. Летчики знают, как томительны минуты такого ожидания. Вскоре над аэродромом появился самолет. Сделал небольшой круг и плавно сел. Но почему летчик не выходит из кабины? Эмиров сидел весь в крови, без сознания.
В этот день дальнобойная артиллерия немцев с рассвета начала обстреливать позиции наших войск. Подавить огневые точки врага было поручено эскадрилье Эмирова. Эмиров повел девятку штурмовиков. К цели пришлось прорываться сквозь сплошную завесу зенитного огня.
