Корни, корневища, луковицы собирают обычно в период отмирания надземных частей, когда растения переходят в период покоя. Это конец лета и начало осени. Их можно собирать и ранней весной до начала отрастания надземных органов, но весной период заготовки очень короткий. Он длится всего несколько дней. Корни однолетних травянистых растений обычно не собирают. Корни двухлетних растений в большинстве случаев собирают осенью первого года вегетации или весной второго года жизни, перед началом вегетационного периода. Корни и корневища многолетних растений собирают в те же сроки. По экономическим соображениям растениевод не может несколько лет оставлять на поле культуру, предназначенную для уборки корней. Поэтому корни белладонны (A tropa bella-donna) или валерьяны лекарственной (Valeriana officinalis) обычно убирают уже через год, как и некоторые другие. Хотя урожай, получаемый при этом, меньше, чем при многолетнем культивировании. Корни многолетних окультуренных растений не всегда оказываются самыми лучшими, так как они быстро начинают загнивать и разрушаться, как это часто наблюдается у выращиваемых ревеня дланевидного (Rheum palmatum), горечавки желтой (Gentiana lutea) или белладонны (A tropa bella-donna). Выкапывают корни лопатами, опуская штык на 10–12 сантиметров в землю. Иногда вытягивают из рыхлой почвы вилами или граблями. Корневища и корни сначала отряхивают от земли, а затем начисто промывают в воде. Если заготовка имеет более или менее значительный масштаб, промывку лучше всего вести в больших плетеных корзинах в проточной воде. Грубые корни моют с щеткой, тщательно вычищая грязь. Нельзя мыть подземные органы растений, содержащих сапонины (корневища мужского папоротника) и слизистые вещества (клубни орхидных и др.). Корни, корневища и клубни, которые не следует промывать, очищают от земли с помощью щеток и снимают верхнюю кожицу.
Для ускорения сушки разрезают на куски по 5–6 см и расщепляют вдоль. Промытые корни тут же раскладывают на рогоже, чистой траве, мешковине или бумаге и подсушивают. Сушат при температуре 60 °C, если надо уменьшить время предварительной сушки. В любом случае, на растения не должны попадать прямые солнечные лучи. Крупные корни разрезают ножом вдоль. Если получаются слишком толстые пластины, то измельчают еще сильнее. Мелкие корешки не разрезают. Затем корни и корневища очищают от остатков стеблей, мелких корешков, поврежденных или сгнивших частей и доставляют к месту окончательной сушки. Клубни следует собирать в период цветения. К числу типичных растений, у которых собирают клубни, принадлежат безвременник осенний (Colchicum autumnale), аконит ядовитый (Aconi-tum napellus) и различные виды ятрышника. Луковицы собирают после плодоношения, в период отмирания надземных частей, когда растения переходят в период покоя. Луковицы заготавливаются у таких растений, как лук репчатый (Allium сера) и лук-чеснок (AIlium saiivum), лук морской (Urginea maritima) и другие. Луковицы не промывают, обрезают лишь базальную часть (корни) и остатки надземной части; снимают внешнюю загрязненную сухую чешую.
