В течение трех лет, с 1899 по 1902 г., П.А. проходил службу на Дальнем Востоке на крейсере 1 ранга “Рюрик”, клипере “Разбойник” и канонерской лодке “Гиляк”. В этот период своей службы он участвовал в Русско-Китайской войне, три месяца проведя в десанте. В целом ряде писем он дает любопытнейшие описания Дальнего Востока и своего пребываия там, а также некоторых эпизодов Русско-Китайской войны и своего возвращения в Россию. В короткое время, за отлично-усердную службу он получил три ордена: Анны 4-й степени (за храбрость), Анны 3-й степени с мечами и Станислава 3-й степени с мечами, за отличия в делах против китайских мятежников.
Благополучно вернувшись в мае 1902 года в Россию, в Балтийское море, он, желая совершенствоваться далее в любимом деле, поступил в Кронштадт и минные классы, в которых работал со свойственным ему увлечением. 6 декабря 1902 г. П.А. Вырубов был произведен в лейтенанты. Во время пребывания в минных классах в личной жизни П.А. произошла значительная перемена: 5 октября 1903 года состоялось его венчание с дочерью адмирала Развозова Екатериной Владимировной. Свадьба была отпразднована в хуторе Жердова, возле станции Бобрик М.-К.-В. ж.д. в Черниговской губернии, где, через несколько лет после развода с женой, окончательно поселился его отец. Шаферами его были, между прочим, Б.К. Жданов и С.П. Огарев, как и П.А. Вырубов, погибшие геройской смертью в Цусимском бою 14 мая 1905 года.
После свадьбы молодые некоторое время прожили в Жердове. Между тем, в декабре 1903 года начали ходить все более и более упорные слухи о близости нашей войны с Японией, и П.А. Вырубов вместе с женой, не окончив отпуска, накануне Рождества, поспешил в Петербург.
В конце января 1904 года была объявлена война, и П.А. был назначен на достраивавшийся броненосец “Князь Суворов”, который через 7 месяцев пошел вместе со второй эскадрой на Дальний Восток. Легко представить себе, что должен был переживать в это время П.А., покидая молодую жену и новорожденного сына, который родился за неделю до отхода эскадры. Письма его, которыми он не переставал обмениваться с отцом со времени поступления в корпус (IV-я часть), становятся особенно интересными, живо рисуя все те невзгоды, какие пришлось пережить доблестным морякам второй эскадры. Несмотря на зловещие предзнаменования, П.А. Вырубов не падал, однако, духом, веря в благополучный исход кампании.
Но Бог судил иное… 14 мая 1905 года, в роковой день для русского флота и всей России, он принял геройскую смерть за Родину. Когда броненосец “Князь Суворов”, на котором находился лейтенант П.А. Вырубов вместе с адмиралом Рожественским, вышел из строя и, потеряв способность управляться, был весь объят пламенем, к нему подошел миноносец “Буйный” и принял тяжело раненного адмирала Рожественского и чинов его штаба. Но, как об этом свидетельствовал на суде по делу о сдаче японцам миноносца “Бедовый” командир “Буйного” Коломейцев и сам адмирал Рожественский, лейтенант П.А. Вырубов, а также лейтенант Н.П. Богданов и прапорщик В. фонь Курсель-Вернер отказались перейти на миноносец и, будучи верными своему долгу, вместе с горстью команды погибли геройской смертью, до последней минуты жизни отражая неприятеля.
