Акуша является одним из древних населенных пунктов Дагестана. Археологические памятники показывают, что окрестности Акуша были заселены людьми еще в древнейший период человечества, т. е. в каменный век. Недавними исследованиями под руководством члена-корреспондента РАН Х.А.Амирханова в окрестностях Акуша открыта серия памятников древнекаменного века – палеолита. Это, в частности, такие местонахождения, как Айникаб и Мухкай, возраст которых колеблется в пределах 1,2–1,5 млн. лет. Как отмечает Х.А.Амирханов, «полученные материалы служат надежным подтверждением концепции каспийского пути как одном из направлений первоначального заселения Евразии и, прежде всего, Юго-Востока Европы со стороны Западной Азии» (Амирханов Х.А. Исследование памятников на северо-восточном Кавказе, предварительные результаты. М., 2007. С.24). Эти материалы чрезвычайно важны для изучения и понимания процессов эволюции человека и развития его начальной трудовой деятельности. Кроме того, в урочище Дузани, расположенном в 3,5–4 км к югу от Акуша, на правом берегу Акушинки, обнаружены четыре кремневых мастерских по первичной обработке камня, которые относятся к новокаменному веку – неолиту.
Наиболее ранние письменные сведения об Акуша относятся к VI в. н. э., которые имеются в работах местных авторов, написанных на основе персидских, арабских, русских и др. источников и местных исторических хроник, не сохранившихся до наших дней. Так, автор дагестанской исторической хроники «Дербент-наме» Мухаммед Аваби Акташи, перечисляя народы, живущие в Дагестане в период правления в Иране Кубада-шаха и его сына Ануширвана, писал, что «здесь было племя Туман, расположенное от города Ихрана до Гумри и называемое теперь Тау-Лезги (горные лезгины), которых столица называется Аку-ша». А.-К.Бакиханов в работе «Гюлистан-Ирам» писал, что в период правления в Персии Ануширвана в Дагестане было «семь округов», одним из которых был «Нагорный Кумух», где ныне Казикумух и магалы Акушинские и некоторые Аварские.
На основании этих сведений можно предположить, что Акуша, как и другие окружающие ее селения даргинцев, в этот период истории находилась в составе политического образования, куда входили верхнедаргинцы, лакцы и часть аварцев.
Селение Акуша в этот период истории было расположено только на небольшой поляне наверху горы, где сейчас Верхний аул. Выбор такого места было вызвано необходимостью обороны от внешней опасности. С трех сторон селение было защищено естественной преградой, а с одной – западной стороны – можно было проникнуть в селение, только обогнув гору. Кроме того, селение со всех сторон было защищено оборонительной стеной с двумя воротами. Ввиду того, что площадка, где была построена Акуша, была небольшая, дома располагались очень близко друг от друга, селение было густонаселенным, так как рост его происходил только на территории, находящейся внутри оборонительной стены. Такое положение селения сохранялось до XIV–XV вв., так как опасность внешнего нападения продолжала существовать. Это было большое родовое (тухумное) поселение, жители которого занимались земледелием и скотоводством. Пахотные поля и пастбища были расположены в основном к юго-западу и северо-западу от поселения.
