23 мая 1966 года были арестованы несколько наиболее влиятельных министров кабаки, а 24 мая две роты пошли на штурм его дворца.
Штурм начался, когда еще не рассвело. Кабака, ночевавший в своем дворце, был разбужен выстрелами уже внутри ограды дворца. Надев на белье свитер, он быстро собрал охрану, насчитывавшую около 120 человек, и стал искать путь к бегству. Хорошо зная расположение дворцовых построек, охранники ввязались в перестрелку с правительственными войсками и даже сумели удержать свои позиции в течение нескольких часов. Когда рассвело и выяснилось, что дворцовый комплекс окружен, кабака и его защитники укрепились на некоторое время в краале — загоне для скота. Затем, когда положение стало безвыходным, выстрелами они расчистили себе путь к юго-западной части кирпичной стены дворца. Через стену пришлось перелезать — охранники имели такой опыт, но кабака! Он неудачно приземлился, почувствовав резкую боль в позвоночнике. К счастью, вовремя подвернулись два свободных такси, которые и доставили беглецов в резиденцию Белых отцов рядом с католическим собором в Кампале. История вновь повторилась — кабака Мутеса II, как некогда его дед Мванга, был вынужден спасаться у миссионеров-католиков после свержения с престола. У миссионеров смогли остаться только трое — сам Мутеса и два его охранника.
Остаток ночи тройка беглецов провела в буше под Кампалой. Стало известно, что есть приказ взять Мутесу живым или мертвым и что его яхта на озере Виктория сожжена. Поразмыслив, кабака выбрал путь к западной границе, до которой было около трехсот миль. Бежал он из собственной страны пешком, передвигаясь скрытно, переодетый в чужой белый макинтош. Часть пути их подвез на машине преданный кабаке человек. Во время побега, длившегося несколько недель, о нем ходили самые невероятные слухи: то его будто бы видели в Найроби, то в Аддис-Абебе, а то он якобы возвращается с большими силами на штурм Кампалы. Некоторые газеты объявили даже о его смерти. На самом же деле он по-прежнему двигался к границе кружным путем, обходя многочисленные засады. Однажды он скрылся от преследовавшего его грузовика с солдатами лишь благодаря стаду слонов. Кабака со спутниками врезались в стадо, прошли сквозь него, а следы их были затоптаны.
