Ортодоксы весьма остро чувствовали «еретичность» всякого свободного исследования, всякого философствования по отношению к предметам веры, они встретили в штыки философию аль-Фараби. Тем более что, по меткому выражению Ибн-Аби-Усайбиа, в философской системе аль-Фараби много тех «незаметных мест», смысл которых проясняется после смерти мыслителя и которые, по современной терминологии, представляют собой материалистические тенденции или колебания между идеализмом и материализмом. В целом ряде принципиальных вопросов аль-Фараби склоняется к позициям материалистическим или близким к материализму. Это касается признания вечности мира и настаивания на самостоятельности материи наряду с формой. В онтологическом и гносеологическом плане он часто склоняется к признанию первичности чувственно воспринимаемых единичных вещей перед универсалиями (идеями, общими понятиями). То, что говорил А. И. Герцен о противоположности эмпирии и идеализма и об их взаимодополнении, было метким фиксированием реальной ситуации, неоднократно повторявшейся в истории философии. Четко в истоках это видно у Аристотеля, который берет за основу то первые сущности — индивидуальные вещи, то вторичные сущности — форму, склоняясь к тезису, что в вещах важнее не отдельное, а общее, восходящее к идее Платона. С той же самой неспособностью справиться с диалектикой отдельного и общего мы встречаемся у аль-Фараби.
Можно ли говорить о номинализме или реализме применительно к аль-Фараби и ко всей линии восточной философии, идущей от него? Прежде всего само существо проблемы, как известно, восходит к Аристотелю. Аристотель подверг критике Платона за гипостазирование общих понятий как идеальных сущностей, «вечных идей», служащих прообразами для явлений материального мира, за отделение сущности от того, сущностью чего она является, за изолирование идей от чувственно воспринимаемого мира. И он же сам в конечном итоге «платонизирует», в понятиях «форма» и «форма форм» (=перводвигатель) воспроизводя черты «идеи».
В его философии есть сильнейшая материалистическая и эмпирическая тенденция в пользу первенства конкретных индивидуальных вещей и объективной реальности по отношению к идеям и знанию вообще. Есть момент абсолютно верного в признании единичного чувственно воспринимаемого явления генетически исходным моментом познания. Но если игнорируется процесс познания в целом, восхождение от созерцания к мысленнотеоретическому воссозданию реальности, единичное абсолютизируется как таковое, оно само превращается в неопределенную абстракцию. Действительное диалектическое единство единичного и общего раскрыл только марксизм.
