Прототип Е-50 стал развитием прототипа Е-2, всего в 1955 – 1957 г.г. было построено три опытных самолета Е-50. Е-50 дополнительно оснащались ЖРД С-155 конструкции Душкина, установленным над двигателем АМ-9Е. Первый прототип Е-50/ 1 совершил первый полет 9 января 1956 г..
14 июля 1956 г. Е-50/1 был разбит на посадке. На втором прототипе Е-50/2 изменили конструкцию хвостового оперения, 17 июня 1957 г. на этой машине была достигнута высота 25 600 м, а через несколько дней самолет разогнался до скорости 1460 км/ч. На третьем прототипе Е-50/3 была удлинена носовая часть фюзеляжа и увеличен запас топлива. В одном из полетов на третьем прототипе разрушилось хвостовое оперение, летчик-испытатель Н.А. Коровин погиб. У двигателистов на выходе уже был почти готов двигатель АМ-11, более мощный чем АМ-9. Установка боле мощного ТРД делала ненужным вспомогательный ЖРД, поэтому работы по теме Е-50 прекратили.
Прототип Е-2 отлетал лишь часть программы заводских испытаний. Программу завершили на прототипе Е-2А с двигателем АМ-11 и удлиненным соплом. От Е-2 самолет Е-2А отличали также установленные на верхней поверхности крыла перегородки Стурминского, снижавшие боковую составляющую обтекавшего крыло воздушного потока. Приемник воздушного давления на Е-2А был смонтирован на верхней поверхности носовой части фюзеляжа. Полеты на Е-2А но программе заводских испытаний начал в 1956 г. Г.К. Мосолов, затем на самолете стали летать В.А. Нефедов и Г.А. Седов. На заводе № 21 изготовили небольшую партию из пяти предсерийных самолетов, которые короткий период времени обозначались МиГ-23. Самолеты поступили для проведения эксплуатационных испытаний в НИИ ВВС.
Прототип Е-2А вместе с прототипом Е-5 демонстрировался на воздушном параде в Тушине 24 июня 1955 г. Западные специалисты из НАТО присвоили стреловидному Е-2А кодовое наименование «Faceplate», а треугольному Е-5 – «Fishbed». К этому времени советские специалисты уже убедились в преимуществах треугольного крыла. Тема Е-2/Е-2А была закрыта, но отказать себе в удовольствии поводить за нос западных экспертов коварные русские конечно не смогли.
Прототипы с треугольным крылом (Е-4 и Е-5)
Когда стал очевидным факт неспособности самолета со стреловидным крылом достичь скорости в два Маха специалисты ЦАГИ увидели выход в использовании дельтавидного крыла. В основу конструкции прототипа Е-4 был положен планер самолета Е-2, но с треугольным в плане крылом со стреловидностью но передней кромке в 57 градусов и профилем ЦАГИ-59. Первый полет на прототипе Е- 4 выполнил 16 июня 1955 г. в Жуковском летчик-испытатель Г.А. Седов.
