Для снижения риска поражения с конца 1986 года летчикам запретили опускаться ниже 4500 м, но этот приказ противоречил самому стилю работы штурмовиков и часто ими нарушался. А.В. Руцкой, согласно характеристике, - "сильный летчик и волевой командир", имел два взыскания за нарушение ограничения, а его Су-25 нес 39 пробоин. Для меньшей уязвимости на взлете и посадке штурмовики стали использовать маневр - нисходящую крутую спираль и снижение по короткой глиссаде, применяя для резкого снижения воздушные тормоза и почти парашютируя на полосу. Уход на второй круг считался уже серьезной ошибкой - в окрестной "зеленке" могли поджидать вражеские стрелки. 21 января 1987 года вылетевший из Баграма Су-25 старшего лейтенанта К. Павлюкова был сбит "Стингером" из засады. Летчик катапультировался, но в наступивших сумерках поисковые вертолеты не смогли его отыскать. Раненый пилот принял бой на земле, и израсходовав все патроны, подорвал себя гранатой.
Значительная часть повреждений боевых машин приходилась на грубые посадки из-за сложности маневра и большой скорости захода, требовавших повышенного внимания от возвращавшихся из боя измотанных несколькими вылетами летчиков. Редкий месяц обходился без аварий: штурмовики садились с минимальным остатком топлива, без выпуска закрылков и воздушных тормозов, задевали друг друга, не успевая вовремя отвернуть с полосы, теряли колеса и сносили шасси. Известно и немало случаев складывания передней стойки шасси при слишком жестком касании ВПП. Летом 1988 года летчик "захромавшего" Су-25 удержал самолет на пробеге настолько умело, что стесал о бетон лишь выступавший надульник пушки, не тронув обшивки, и уже на другой день снова летал. Сожженные на посадке тормоза и разлетевшиеся пневматики были будничным делом и в иной день случались по несколько раз. 27 октября 1988 года в Баграме севший до полосы Су-25 снес о ее бетонный порог все три стойки шасси, в облаке искр пронесся на брюхе и остановился, стесав фюзеляж по самую бронекабину. Летчик, не получивший даже ушибов, выбрался из останков штурмовика и отправился "сдаваться" в штаб.
Количество потерянных в Афганистане Су-25 обычно оценивается в 23 машины (из общего числа 118 самолетов), которых лишились ВВС. Однако это число требует уточнения. Установить действительные причины гибели того или иного самолета не всегда представлялось возможным - обломки машин в большинстве случаев оставались лежать далеко в горах, и часто приходилось полагаться лишь на эмоциональные доклады летчика и его коллег. Если авария происходила по вине летчика, это грозило ему, как минимум, отстранением от летной работы, а разбрасываться кадрами в боевой обстановке не приходилось, и повреждения старались провести по графе "боевые". То же касалось аварий, происшедших из-за конструктивно-производственных недостатков. Доказать вину промышленности было нелегко - требовалось составление акта расследования происшествия, а осмотреть разбившуюся машину и толком изучить отказавшие агрегаты оказывалось зачастую невозможно. Случай с капитаном А. Дьяковым был, скорее, исключением - его машину удалось вывезти с места падения, хотя поначалу причиной потери сочли гибель летчика в воздухе, и в остатках кабины нашли даже дыру от осколка (пробитую, как оказалось, разрывом одной из гранат, с помощью которых спешно вели демонтаж для эвакуации обломков на базу). Лишь изучение пленок бортового самописца, зафиксировавшего вставшие на упоры элероны при нараставшем крене и скольжении, позволило установить истинную причину.
