Хотя многие вылеты приходилось выполнять на пределе возможности техники, надежность МиГ-21 оказалась весьма высокой. Боеготовые машины в полках составляли 85-90%, и даже по сложным системам навигационному и радиооборудованию - число отказов было небольшим. Нарекания вызывало остекление фонаря, быстро желтевшее и терявшее прозрачность от солнца и пыли (недостаток, унаследованный и МиГ-23). Вездесущая, всепроникающая пыль полностью забивала топливные фильтры и жиклеры уже через 5-7 часов работы, что грозило остановкой двигателя в полете. В летнюю жару садившиеся самолеты встречали с поливальными машинами или просто с ведрами воды, чтобы быстрее охладить перегревшиеся тормоза - иначе давлением могло "разнести" пневматики. Интенсивная эксплуатация все же не могла не сказаться на состоянии техники - из-за недостатка времени регламентные работы выполнялись на скорую руку (привычно записывая "в полном объеме"), ремонтировать и латать самолеты приходилось на месте. После года работы на них накапливались многочисленные дефекты, был полностью "выбит" ресурс, и по возвращении в СССР истребители приходилось отправлять в капитальный ремонт. Подтверждением были и данные отчетности: аварии по небоевым причинам в тяжелых условиях работы не уступали, а часто и превосходили потери от огня противника.
С усилением ПВО моджахедов самолеты все чаще натыкались на зенитный огонь. По сообщениям летчиков, горы буквально искрили "сваркой", особенно возле баз и опорных пунктов, прикрытых 12.7-мм пулеметами ДШК китайского производства и 14.5-мм зенитными горными установками с дальностью поражения до 2000 м. В 1985 году на их долю приходилось 62.5% всех боевых повреждений самолетов. Основными причинами потерь командование ВВС признавало недостатки в планировании операций и недостаточный учет ПВО противника.
Чтобы застать моджахедов врасплох и не дать организовать огонь, предлагалось практиковать атаки со сверхмалых высот (до 50-60 м). Однако эта тактика, выработанная для европейского ТВД, не встретила энтузиазма среди летчиков, так как в условиях сложного рельефа в таких полетах на малой высоте приходилось уменьшать скорость, а при снижении в межгорья велик был риск нарваться на засаду или попасть под огонь сверху. Практичнее стало прокладывание безопасных "обходных" маршрутов, выход к цели с направлений, не прикрытых ПВО, уход на безопасные высоты.
Помимо этого, начали применять "активные меры" - выделять специальные группы для подавления ПВО. Борьба с зенитными средствами оказалась небезопасной - уничтожить позицию можно было только прямым попаданием, иначе на смену "выбитому" расчету тут же приходил следующий, и огонь возобновлялся (иногда один за другим сменялись 2-3 стрелка). Нередко противник оборудовал рядом несколько зенитных точек, разнесенных по высоте, и самолет, атаковавший одну из них, попадал под огонь соседних. Чтобы сократить время пребывания под обстрелом, удар следовало наносить на большой скорости, не ниже 950-1000 км/ч, и для этого чаще всего выделялись истребители, вооруженные НАР или РБК с шариковым или осколочным снаряжением. В МиГ-21, стремительный и меньший, чем Су-17, нелегко было попасть.
