Об эффективности каждого вылета "за речку" речь уже не шла поставленные задачи должны были выполняться количественно, "выкатыванием" на афганские горы запасов со всех окружных складов авиационного боепитания. Бомбардировки велись с больших высот, поскольку по данным разведки к осени 1988 года у оппозиции насчитывалось 692 ПЗРК, 770 ЗГУ, 4050 ДШК. На Су-17М3 и М4, участвовавших в налетах, была доработана радиосистема дальней навигации (РСДН), обеспечивавшая автоматизированный выход на цель и бомбометание. Точность ее оказалась невелика, и в декабре 1988 года при одном из налетов бомбами "накрыли" полевой штаб афганского корпуса.
Второй этап вывода войск начался 15 августа. Чтобы избежать последних жертв подходившей к концу войны, решили увеличить интенсивность бомбежек районов ожидаемого сосредоточения моджахедов и постоянными ударами сопровождать выход колонн, срывая связь между отрядами оппозиции и подход караванов с оружием (а их только за октябрь замечено было больше ста). Для этого широко стали применяться ночные вылеты группами по 8, 12, 16 и 24 Су-17с выходом в заданный район с помощью РСДН на большой высоте и проведением навигационного (площадного) бомбометания. Удары наносились в течение всей ночи с разными интервалами, изматывая противника и держа его в постоянном напряжении близкими разрывами мощных бомб. Два вылета за ночь стали для летчиков обычным делом. Кроме того, велась ночная подсветка местности вдоль дорог с помощью САБ. В конце октября при плановой замене ИБА в Шинданде "сухих" сменил полк трехэскадрильного состава на МиГ-27М и МиГ-27Д из Жангиз-Тобе. Смена "коней" под самый конец войны по указанию Главного Штаба ВВС была продиктована уходившей возможностью испытать МиГи в деле. Им досталась нелегкая задача: 3-4 (а иногда до 6) вылета на летчика в смену в оставшиеся месяцы были нормой.
К зиме особенно важным стало обеспечение безопасности на участке, соединявшем Кабул с Хайратоном на советско-афганской границе. Район Панджшера и южного Саланга контролировали отряды Ахмад Шаха Масуда "панджшерского льва", лидера независимого и дальновидного. Командованию 40-й армии удалось договориться с ним о беспрепятственном проходе советских колонн. Перемирие сорвали афганские правительственные части, которые постоянно вели провокационные обстрелы селений вдоль дорог, вызывая ответный огонь. Избежать боев не удалось, и 23-24 января 1989 года начались непрерывные авиационные налеты на Южный Саланг и Джабаль-Уссардж. Сила бомбовых ударов была такова, что жители близлежащих афганских кишлаков покидали свои дома и перебирались ближе к дорогам, по которым к границе тянулись грузовики и военная техника.
