Рисаль одним из первых понял необходимость для филиппинцев политической организации. И при его активном участии такая организация создается — это Филиппинская лига. Он сформулировал и ее цели: объединение архипелага в сплоченную мощную единую страну, защита против насилия и несправедливости, развитие образования, сельского хозяйства, проведение реформ, организация народных советов в деревнях и поселениях, верховного совета в каждой провинции. Девизом Лиги стали слова: «Один как все».
Словно забыв о смертельной опасности, подстерегавшей его на каждом шагу, Хосе Рисаль разъезжает по провинциям, вербует новых членов в Филиппинскую лигу, пропагандирует идеи национального единения. Под его руководством тайно создаются народные и провинциальные верховные советы. Никто не может стать членом Лиги, не будучи единогласно принятым народным советом. Устанавливается строгая централизация. Распоряжения вышестоящих советов считаются законом для всех остальных. Лига из организации довольно умеренной превращается в организацию действенную и боевую. Либерализма генерала Деспухоля хватило ненадолго. Он приказал арестовать Хосе Рисаля и сослать немедленно без суда и следствия.
Рисаль закован в кандалы. Его, как важного государственного преступника, увозят на Минданао ночью, тайком, под большой охраной.
Но Филиппинская лига создана, живет, действует. Ее руководителем становится выходец из низов Андреас Бонифасио. Он лишен иллюзий, которыми долгое время был опутан Рисаль. Будущее Филиппин он видит в революционной вооруженной борьбе против Испании. Он создает подлинно революционную народную организацию Катипунан, паролем которой становится имя «Рисаль», а знаменем — красный флаг. Эта организация занялась подготовкой всенародной революции.
Перед началом восстания Бонифасио тайно посылает на Минданао к Хосе Рисалю делегата. Сведения о том, как Рисаль принял делегата, носят разноречивый характер. Некоторые историки утверждают, будто бы Рисаль отказался возглавить вооруженное восстание, считая его преждевременным. Другие, напротив, доказывают, что Рисаль одобрил все решения Катипунана, но посоветовал, прежде чем выступить, запастись оружием. «Революция против вооруженной нации никогда не должна быть начата без оружия», — сказал он делегату.
Еще до приезда делегата на Минданао Хосе Рисаль, желая любыми путями вырваться из плена, обратился к новому генерал-губернатору Филиппин Бланке с просьбой отправить его на Кубу, где вспыхнуло восстание против испанского господства, и использовать его там как врача.
