В ткань повествования искусно вплетены еще две истории: история трагической любви студента-медика Басилио, далекого от борьбы мечтателя, и его невесты Хулии, отец которой, разоренный монахами, бежит к тулисанам. Сила обстоятельств заставляет Басилио примкнуть к Ибарре.
Другая история, так напоминающая недавние события из жизни самого Рисаля, посвящена любви студента Исагани к девушке из богатой семьи Паулите. Ради положения в обществе Паулита отказывается от Исагани и выходит замуж за богатого метиса. Именно во время свадьбы Паулиты и должен произойти взрыв, который станет сигналом восстания. Но Исагани, все еще любящий изменившую ему Паулиту, врывается в дом, где собралась вся знать, предотвращает взрыв и тем самым обрекает восстание на провал.
Не ради занимательности введены в роман эти две сюжетные линии. На отношении своих героев к идее вооруженного восстания автор как бы проверяет себя, он хочет внушить читателю мысль, что все дороги обездоленных и притесняемых ведут к одному: к вооруженной борьбе. И какими бы мотивами ни руководствовался человек, своей нестойкостью он может нанести непоправимый вред общему делу. Как верный сын своего угнетенного народа, Рисаль хорошо понимал логику событий филиппинской жизни. И эта логика неизбежно подводила его к мысли о вооруженном выступлении.
Однажды Рисаль сказал: «Не надо страшиться, не надо приходить в смятение из-за того, что некоторые падут. Во всякой борьбе должны быть жертвы: самые великие битвы бывают и самыми кровопролитными. Что значит тюрьма? Что такое смерть? Иногда и болезнь приковывает нас к постели и отнимает жизнь. Все дело в том, чтобы и болезнь и смерть не оказались бесполезными для оставшихся в живых».
Роман «Флибустьеры» сыграл прогрессивную роль в освободительном движении Филиппин и был воспринят филиппинским народом как призыв к восстанию, а имя Рисаля стало знаменем борьбы.
Хосе Рисаль поклялся не покидать бельгийского городка Гента, где он работал над «Флибустьерами», до тех пор, пока книга не выйдет в свет. Но события на Филиппинах заставили его изменить это решение. Напрасно доказывал он в Мадриде в верховном суде, что его родные ни в чем не повинны, просил смягчить их участь. Высокомерные идальго остались глухи к просьбам мятежного «индио». Ничего не дала и аудиенция у королевы.
Сдав в 1891 году роман в типографию, Рисаль срочно выезжает в Гонконг, куда бежали от преследований его родители, сестры и брат. Наконец-то они все вместе! Наконец-то он может отдохнуть, пожить в семье, заняться научными исследованиями, своей любимой медициной! Он рожден для науки, для искусства. Ему уже тридцать один год, а великие замыслы все еще не воплощены в мраморе, на полотнах, в стихах, в научных трактатах.
