Особое значение для философии и науки, по Больцано, имеет принцип детерминизма. В понимании этого принципа мыслитель отходит от Лейбница, который, как известно, дает телеологическое объяснение мира. Если монады замкнуты и непроницаемы для внешних воздействий, то их развитие и согласованность между собой определяются предустановленной гармонией, божественной целью. Принцип причинности господствует, по Лейбницу, в природе, но находится в гармонии с телеологическим принципом, по которому осуществляется внутреннее развитие монад. С этой точки зрения Лейбниц говорит и о гармонии и единстве души и тела. Исходя из признания взаимодействия субстанций, Больцано распространяет принцип причинности на все существующее. Одним из подтверждений объективности существующего как раз и служат причинные связи. В отношениях между предложениями- и истинами-в-себе мы их не найдем, там действует связь основания и следования.
Мыслитель не согласен с Лейбницем в том, что тот признает существующим только то, что обладает силой представления. То, что не обладает таковой, для немецкого философа есть ничто. Больцано же говорит, что есть множество вещей, которые не существуют, но тем не менее представляют собой не ничто, а вполне определенное нечто. Сюда относятся истины- и предложения-в-себе, т. е. логические сущности. Как видно, Больцано выступает против идеализма Лейбница с весьма любопытной дуалистической точки зрения. Дуализм духовного и материального в сфере бытия дополняется у него дуализмом объективно логического и объективно существующего.
Как указывалось выше, в самом определении философии как его существенная часть у Больцано стоит требование установления причинно-следственных связей. Мыслитель согласен с Аристотелем, который указывал на важность отыскания причинных зависимостей между вещами, и критикует кантовскую теорию причинности. Согласно Канту, говорить о всеобщности принципа причинности можно только относительно явлений, а не вещей-в-себе. При этом категория причинности рассматривалась им как априорная. Что в наших восприятиях мы имеем дело со следствиями, Больцано соглашается, но вывод, утверждающий непознаваемость истинных причин явлений, данных нам в нашем чувственном опыте, он принять не может. Открыть причину какого-либо действия, следствия — значит открыть силу, производящую действие. Но иначе чем через действие мы не можем ничего знать о самих силах (21, 3, 517). Философ высказывает здесь верную мысль, что познание сущности вещей возможно только через явления. Этими сущностями для него являются субстанции и их силы, поэтому категория причинности применима не только к чувственным вещам, но и к сверхчувственным (см. 8, 22).
