Следует обратить внимание на то, что понятие априорного в философии Нового времени носит двойственный характер. Разрыв между эмпирическим и теоретическим знанием, из которого первое считалось случайным, единичным, вероятным, недостоверным, а второе — необходимым, всеобщим, носил метафизический характер и закреплялся в терминах «апостериори» и «априори». Философы XVII–XVIII столетий поставили и пытались разрабатывать действительную проблему познания. Они увидели активный характер человеческого познания, но не смогли дать этому надлежащего обоснования. К предмету, или объекту, познания мы подходим, имея уже определенные понятия, категории и способы исследования. Человеческий ум не является чистым листом бумаги, на котором природа пишет свои письмена, как полагал Локк. На ошибочность подобного мнения указывал Лейбниц. Необходимо также иметь в виду, что знание имеет сложную иерархическую структуру — от нижних этажей абстракции до самых высоких, от элементарных обобщений до генерализаций высшего порядка. Неразличение эмпиризмом этих уровней и видов знания априоризм использует как аргумент в свою пользу. В научном, и особенно в философском, исследовании можно выделить два момента, или две стороны. Первый — получение некоторых общих принципов, законов из наличного материала, фактов, данных науки. Второй — применение этих ставших уже известными нам принципов к исследуемой области; с помощью принципов анализируется, классифицируется и упорядочивается фактический материал. Оба момента в реальном познании взаимосвязаны. Последний условно может быть назван априорным. Условно потому, что с исторической точки зрения все элементы процесса познания формируются во времени. Как и рационалисты XVIII столетия, Больцано преувеличивает значение этого момента в процессе познания. Называя отыскиваемые принципы априорными, рационализм неизбежно приходил к представлению, что эти принципы даны до всякого опыта или в сознании, или вне его. А это, очевидно, вело к той или другой форме идеализма.
Как указывалось выше, к философским дисциплинам (но не к самой философии) Больцано относит и философию религии, или, как он называет ее, науку о религии. По его мнению, эта дисциплина не может быть включена в философию, так как основные положения религии не имеют объективной основы, не поддаются анализу с точки зрения детерминизма. Ответа на вопрос «почему?» для религиозных догм и положений откровения получить нельзя. Чешский философ подвергает критике мнение Гегеля, согласно которому религия является ступенью в развертывании философского знания. Однако Больцано придает науке о религии очень важное значение. Он считает, что нравственность является сердцевиной религии, а цель философии религии состоит в том, чтобы найти наилучшую религию.
