Сама казнь была устроена чудовищно (вероятно, намеренно). Священная королева потребовала, чтобы палач нанес три удара (первый удар пришелся на плечо и принес ей ужасные страдания), прежде чем довести обезглавливание до конца. Прямо перед казнью Мария скинула свою черную накидку, под которой было ярко-красное платье (традиционный литургический цвет, символизирующий мученичество в католической церкви). В складках ее платья пряталась декоративная собачка. Ее шерсть покрылась кровью хозяйки, а позже животное убежало. Следом за казнью останки Марии были сложены и закрыты в свинцовом саркофаге, чтобы они оставались в целости и сохранности.
Несмотря на то что формально Мария не была канонизирована Римской католической церковью, многие католики считают ее мученицей, пострадавшей во имя веры. И этот, и другие аспекты всего происшедшего можно, анализируя прошлое, рассматривать как «благую весть».
Прямым следствием казни шотландской королевы Марии стало трагическое вторжение испанской армады в Англию в 1588 году, инициированное папой Сикстом V. Папа от имени официальной католической власти собирался свергнуть королеву Елизавету I за цареубийство. Неожиданная победа Англии имела прямое отношение к образованию в основном великодушной империи и косвенное отношение к освобождению Америки от колонизации.
