Ганнибал, внук Гамилькара, погибшего у стен Гимеры, быстро пришел на помощь Сегесте, которая была осаждена войсками Селинунта. Ради этого он даже высадился в 409 году в Мотии со своей армией, укрепленной войсками элимов. Разбив лагерь поблизости от Селинунта, он за девять дней взял ее приступом. Разграбленная и уничтоженная в пламени пожара, самая западная и самая открытая пуническому миру греческая колония на Сицилии (она дала приют Гискону, отцу Ганнибала, которого изгнали карфагеняне после разгрома армии его отца Гамилькара у стен Гимеры), она никогда больше не обретет прежнего блеска и великолепия. Перейдя окончательно под контроль Карфагена и будучи отчасти заселенной пунийцами, она просуществует до 250 года, когда Карфаген принял решение разобрать ее крепостные стены, а ее население депортировать в Лилибей. Впоследствии армия Ганнибала прошлась по всей Сицилии, разбив лагерь возле Гимеры. После небольшого сопротивления город был взят и окончательно разрушен. Желая отомстить за смерть своего деда, погибшего возле стен этого города, Ганнибал, по словам Диодора Сицилийского (XIII, 61—62), велел перерезать горло трем тысячам пленников. Таким образом, после проведенной им трехмесячной военной кампании Ганнибал полностью выполнил поставленные перед собой цели: восстановить военный престиж карфагенян на острове и изгнать греков. Однако на следующий год Гермократ, герой Сиракуз, опустошил западную оконечность острова, нанеся жителям Мотии и Палермо сокрушительное поражение, хотя впоследствии сложил свою голову, попав в западню, расставленную его же соплеменниками (Диодор Сицилийский. XIII, 63).
Через три года (407/406) карфагенская армия, еще более могущественная и величественная, чем армия 409 года, вернулась под руководством Ганнибала и Гимилькона, сына Ганнона, на Сицилию, разбив лагерь рядом с Агригентом. Защитники разрушили передвижные башни наступающих, которые раскопали агригентские захоронения, чтобы заполнить землей рвы и по образовавшимся террасам добраться до крепостных валов. Этот святотатственный акт вызвал эпидемию, опустошившую армию и стоившую жизни самому Ганнибалу. И тогда Гимилькон отдал приказ о прекращении разрушения гробниц и принес жертву богам. Диодор Сицилийский, являющийся нашим единственным источником, уточняет, что он даже принес в жертву Сатурну ребенка и погрузил в морскую пучину целую толпу людей, чтобы задобрить Нептуна. Однако почести, которые он воздал богам, не помешали ему продолжать осаду города. И через несколько месяцев, несмотря на прибытие в качестве подкрепления сиракузской армии, ему удалось взять город. Отдав его на разграбление и разрушив, он далее отправился в Гелу, которую он также взял в кольцо осады. Войска Сиракуз, возглавляемые теперь уже Дионисием Старшим, попытались разжать тиски блокады, но, несмотря на все их усилия, им не удалось потеснить пуническую армию. И тогда греки решили приступить к эвакуации города, и на следующий день его постигла та уже участь, что и Агригент. В источниках не сообщается, дошел ли Гимилькон до Сиракуз, но совершенно очевидно, что эта военная кампания навела ужас на греков. Кроме того, по ее окончании господство Карфагена признали не только в финикийских колониях, но и в городах, вновь завоеванных Гимильконом.
