Через несколько дней состоялся второй судебный процесс еще над 147 участниками мятежа, в их числе были Мануильский и сын армянского народа эсер и «студент» Абрам Рафаилович , непонятно как и когда появившийся в Кронштадте. Из них к расстрелу были приговорены 10 человек. Остальные — к разным срокам каторги.
Затем начались судебные процессы и над матросами. Из 760 человек, привлеченных к суду, к смертной казни были приговорены 19 человек. Всего по четырем процессам участников восстания в Кронштадте было казнено 36 человек, на каторгу сослано 130 человек, в тюрьмы гражданского и военного ведомства заключено 316 человек, отдано в исправительно–арестантские отделения — 935 человек. Более тысячи арестованных были оправданы.
Казнь матросов состоялась 21 сентября на форту «Литке». Вот как описывал эту казнь историк С. Найда: «За полтора часа до казни матросов портовое судно „Работник“ доставил их на батарею „Литке“. На месте, предназначенном для казни, было вкопано два столба на расстоянии 20 сажен один от другого. Между столбами был натянут канат на высоте в половину человеческого роста. Осужденных подвели к канату и привязали.
Матросы стрелковой роты, которая должна была расстрелять осужденных, стояли, понурив головы. Им было стыдно и страшно встретиться глазами со своими товарищами, осужденными на казнь и теперь стоявшими у каната. Впрочем, командование мало надеялось на матросов стрелковой роты: им выдали только по два патрона. Причем они были окружены стоявшими с винтовками наперевес ротами Егерского, Финляндского и Енисейского полков. Сзади же солдат были установлены заряженные пулеметы, у которых находились офицеры.
За полчаса до казни началось чтение смертного приговора, но кто–то из осужденных на первых же словах оборвал чтение возгласом: „Довольно! Долго вы будете нас мучить?“ — и запел „Вы жертвою пали в борьбе роковой“…
Песню подхватили все осужденные, и мощные звуки революционного похоронного марша, как раскаты грома, разнес над старым фортом предрассветный ветер. Песня смертников оживила окаменелые лица стрелков. Ряды на мгновенье заколебались, а песня все громче и громче вырывалась из самого сердца обреченных. Песней они прощались с жизнью и звали живых к борьбе с самодержавием.
Заметив, что мужество и революционная песня осужденных внесли колебания в ряды солдат, начальство прекратило чтение приговора и поспешно послало к осужденным попа. Матросы отказались от его услуг. Они же наотрез отказывались надевать мешки и требовали не завязывать глаза перед расстрелом. Но им в этой последней просьбе отказали, ссылаясь на закон.
