На рассвете 20 июля корабли и сухопутная артиллерия возобновили бомбардировку занятых восставшими островов. Одновременно началось наступление пехоты. Часть мятежников какое–то время еще вяло отстреливалась. Раненый Емельянов собрал рано утром 20 июля военный совет и потребовал сложить оружие.
Немедленно после решения военного совета на Михайловском острове был поднят белый флаг. Вслед за Михайловским островом белые флаги взвились на других островах, занятых мятежными солдатами, матросами и финскими боевиками.
Одновременно часть восставших попыталась бежать в море на лодках. Некоторые из них хотели переправиться на берег, а некоторые решили шхерами ночью уйти в Швецию. Началась охота за уходившими лодками, в результате много лодок было потоплено. И только немногие достигли берега и укрылись в Финляндии, либо пробрались в Швецию. В крепости тем временем шел арест сдавшихся. Раненых отправляли в госпитали, здоровых — в тюрьму.
Всего в Свеаборге восстали солдаты 9 артиллерийских рот крепостной артиллерии, лабораторная и рабочая команды. На стороне правительства осталось примерно столько же частей, в их числе — две артиллерийские роты, все пехотные роты и… рота крепостных минеров. Это поразительно: ведь именно с винной претензии минеров и началась вся свеаборгская буча. Но в отличие от крепостных артиллеристов, минеры вовремя поняли, что играют с огнем, и отработали назад. Более того, «замаливая» свои грехи, они стали самыми активными борцами с мятежниками. Из приказа по Свеаборгскому гарнизону № 198 от 17 июля 1906 года: «Крепостная минная рота судовыми своими средствами и в качестве гребцов способствовала быстрому занятию острова Михайловского, где находилось главное гнездо мятежников; минная рота и до сего времени принимает участие в обследовании ближайших к крепости островов». Что ж, в жизни бывает и так.
Всю вину за поражение восстания в Свеаборге эсеры возложили на «предателей» эсдеков, а социал–демократы, разумеется, во всем обвинили эсеров и своих оппонентов по внутрипартийным делам — меньшевиков. Из официальной истории революции 1905 года: «Оппортунистическое руководство Финской социал–демократической партии нанесло удар в спину восставшим. Оно отказалось начать всеобщую забастовку. Под нажимом масс им пришлось все же объявить начало всеобщей стачки, но сделали они это на третий день восстания, когда было слишком поздно. Но Красная гвардия, объединяющая лучшую часть финского пролетариата, с оружием в руках выступила на стороне восставших. Им удалось взорвать мост на железной дороге Гельсингфорс — Петербург, отстрочив присылку правительственных войск. Финские белогвардейцы также активно выступили, но на стороне властей. Им удалось подавить забастовку вожатых трамваев. Но противостояния с Красной гвардией эти банды не выдерживали и отыгрывались на безоружных рабочих».
