Изменение отношения к Гегелю очень показательно для философской эволюции Шеллинга. Получив от Гегеля экземпляр только что напечатанного первого крупного его произведения «Феноменология духа», Шеллинг 2 ноября 1807 г. посылает в ответ текст своей знаменитой речи об отношении изобразительных искусств к природе, произнесенной в мюнхенской Академии художеств, и краткое письмо, из которого видно, что между двумя главными защитниками философии тождества, примиряющей в себе все, появились непримиримые расхождения и что «Феноменология» своим критическим введением фиксирует суть разлада, именно: противопоставляет понятие интуиции, постижение в понятии, непосредственному внутреннему переживанию. После этого переписка двух старых университетских товарищей навсегда обрывается и их дружеские связи прекращаются.
Уже в годы преподавания в Вюрцбургском университете (1803–1806) в Шеллинге зрел внутренний «переворот», наложивший печать на все последующее направление его мышления. Его мучат теперь проблемы добра и зла, которые не могут быть разрешены, по его мнению, на прежней рационально-эстетической основе; они находятся вне круга натурфилософских изысканий, в области нравственно-религиозной. Философия природы не отвечает на вопросы о смысле жизни и о страданиях в этом мире. Есть более основательный центр, на кругах которого вращаются миры разума и гармонии, — это религия. В сочинении «Философия и религия» (1804) поворот в миросозерцании мыслителя становится уже заметным, а в «Философском исследовании о сущности человеческой свободы» (1809) в основу кладется уже иррациональный принцип: сотворение мира из божественной «темной основы». Жизнеутверждающий оптимизм сменяется пессимистическим миросозерцанием, рационализм — мистикой, учение о природе меняет свою первоначальную натуралистическую окраску на религиозную. Все эти перемены происходят в рамках философии тождества, принципов которой Шеллинг придерживался на протяжении первого десятилетия XIX в.
С 1806 г. Шеллинг избирает местопребыванием Мюнхен, где становится членом Академии наук и секретарем Академии изящных искусств. Избавленный от необходимости преподавать, он посвящает свободное время упражнениям в магии и размышлениям над ее тайнами. Во время продолжительного отпуска в 1810 г., проведенного им в Штутгарте, Шеллинг развивает в частных лекциях учение о личном бессмертии. На сдвиг в мировоззрении мыслителя — в целом отнюдь не вперед, а вспять — указывает его (последняя из изданных им самим) работа «О само-фракийских божествах» (1815), появившаяся в качестве приложения к более значительной, но так и не опубликованной им работе о мировых эпохах. Шеллинг занят теперь проблемами божественной — не человеческой — истории, которая переживается человеком как самооткровение бога сначала в мифологических воззрениях древних, а затем в христианской религии, соответственно чему новая система его так называемой положительной философии подразделяется на философию мифологии и философию откровения.
