Но аристократический офицерский корпус как презирал, так и боялся Рема и его войска, численностью приблизительно в три миллиона штурмовиков. Что же касается Рема, то он хотел поглотить профессиональную армию, включив ее в свои СА. Гитлер знал, что пока существовала такая возможность, офицеры рейхсвера будут пользоваться их поддержкой. Он также понимал, что если Рем будет держаться своего пути, СА будут господствовать в армии и, следовательно, в государстве, по возможности затмевая нацистскую партию и ее фюрера.
Борман понимал эту проблему. В течение полутора лет он проработал в штабе верховного командования СА. Он хорошо знал ее руководителей и пользовался их доверием. Но сейчас они должны были пойти в расход, так как не сумели вписаться в Новый порядок.
Ранним утром 30 июня 1934 года Эрнст Рем, один из старейших помощников и ближайших друзей Гитлера, был неожиданно арестован вместе с другими, ничего не подозревавшими, руководителями СА. Через три дня они были ликвидированы убийцами из СС. Гитлер клялся, что против него организовывался заговор, в котором принимали участие такие личности, как, например, его предшественник на посту рейхсканцлера генерал Курт фон Шлейхер.
Чистка, устранившая СА как соперника СС, дала последним возможность контролировать все органы полиции, а Гитлеру поддержку регулярной армии. Она также свидетельствовала о развязывании длинной череды убийств, к которым готовился Гитлер, намереваясь узурпировать абсолютную власть. Во время так называемой «ночи длинных ножей» Борман сыграл роль, которая была и будет оставаться свойственной только ему.
Борман не был одним из убийц. Он оставался в тени, собирая жалобы и свидетельства скандалов, связанных с Ремом и собравшейся вокруг него «банды выдумщиков». Этот материал поступал к тестю Бормана Вальтеру Буху и Рудольфу Гессу, который, в свою очередь, передавал его Гитлеру. Борман не колебался предоставлять информацию о своих бывших коллегах, информацию, которая дала бы убийцам предлог для действия. Не мешало ему и то, что многие из убитых были виновны лишь в том, что стали помехой для далеко идущих целей фюрера. Они оказались не способными шагать в ногу с меняющимися временами, вписаться в Новый порядок.
Но были и такие, которые не испытывали затруднений в поиске своего места в новой Германии. В 1936 году, спустя два года после «ночи длинных ножей», Генрих Гиммлер поручил Борману и большой группе партийных чиновников совершить инспекционную поездку в концентрационный лагерь Дахау под Мюнхеном. В Дахау Борман неожиданно встретился со своим старым другом Рудольфом Францем Хессом. Когда-то в организации Россбаха Хесс получил чин рапортфюрера, чиновника СС, имевшего наибольший прямой контакт с узниками.
