Наказание начали осуществлять ещё до решения суда. Евреям было запрещено покидать город. Производился розыск евреев, приписанных к Мстиславлю, но не живших там, чтобы их не подвергли каре. Начались аресты. Первыми жертвами стали наиболее видные домохозяева. Всего через тюрьму прошло 160 человек, 60 из них просидели там в течение двух месяцев. Комиссия, назначенная для рассмотрения дела, пыталась добиться от евреев и христиан свидетельств, которые бы соответствовали официальной версии события. Не мог справиться с этой задачей и сам Энгельгарт. Тогда он приказал обрить всем арестованным евреям правую сторону головы, правый ус и левую часть бороды. Такое издевательство было тяжелым наказанием для набожных евреев.
В городе воцарился террор. Специально назначенные люди врывались в дома и забирали всех находившихся там мужчин, начиная с семилетнего возраста. Их отравляли в полицию и там без стыда торговались за освобождение от рекрутства. В результате были сданы в солдаты 32 еврея, а требовалось сдать ещё 161 человека. Многие разбежались по другим городам, кагальных старшин и почётнейших людей города держали в тюрьме как заложников, среди них и деда С.М. Дубнова — Бенциона. В защиту евреев включился известный предприниматель и меценат Исаак Зеликин.
Перед тем, как отправиться в Петербург, Зеликин посоветовал мстиславским евреям назначить пост, молиться в синагогах, и сам со слезами умолял Всевышнего, чтобы Он "умудрил его для спасения несчастных". Затем он поехал в Петербург и вместе с проживавшим там мстиславским купцом Левитиным сумел передать прошение начальнику Третьего отделения графу А. Бенкендорфу и тот после проверки доложил императору, что "евреев до окончания следствия не выпускают из Мстиславля, по недостатку хлеба многие из них начали пухнуть… и находятся в самом бедственном положении", а местные власти задерживают "не подлежащих набору, и потом за деньги освобождают их".
В Государственном архиве РФ (.Фонд 109. Списки 221 (86). Дело 101) и Национальном архиве еврейского народа (Rи 678)сохранились докладные записки 3-го жандармского отделения Императору Николаю Первому, связанные с расследованием мстиславского бунта, которые я привожу ниже:
О мстиславских евреях
По донесению могилёвского губернатора во время выемки в г. Мстиславле контрабанды до 300 евреев бросились с буйством на конвойных нижних чинов, которых избили и сломали 10 ружей.
В последствии я узнал, что объявлено Высочайшее повеление предать зачинщиков этого буйства военному суду и с общества мстиславских евреев взять немедленно десятого в рекруты. Сопротивление толпы жителей распоряжениям начальства весьма естественно вело к заключению о виновности всего общества и строгого наказания.
