Таинственность многих явлений и многообразие мира приводят к тому, что человек не может в равной мере все познать. О многих явлениях и вещах у нас может быть только представление или догадка. Знание Конисский характеризует как «определенное познание необходимой вещи посредством ближайшей причины», представление же — «познание с предостережением несуществующей вещи или существующей, но не из ближайшей причины, а из определенных случайностей» (там же, 109). Знание мы можем получить о вещах, необходимо существующих в природе; представление же — и о существующих, и о тех, которые никогда не существовали и существовать не будут. Характерный признак знания — определенность, представления — неопределенность или «предостережение». Вопреки Аристотелю, отрицавшему, что интеллект может иметь одновременно о какой-то вещи определенное знание и представление, Конисский убежден, что «акты знания и представления могут быть вместе в одном интеллекте об одном и том же объекте как различные ступени овладения им» (там же, 110). Знание — необходимая ступень, представление — вероятная, и они могут существовать вместе. Подлинное знание можно приобрести только путем обучения и из многолетнего опыта.
Познавательные операции разума Конисский связывает с языком. В языке — мире знаков отражается мир вещей. «Обозначать — это не что иное, как быть знаком какой-то вещи» (там же, 9). Язык Конисский делит на внутренний и внешний. Внутреннюю речь изучает логика, внешнюю — грамматика. Связь внутренней и внешней речи ярко отражает связь трех терминов: термин ментальный (terminus mentalis) — само понятие, созданное разумом; термин словесный (terminus vocalis) — слово, называющее это понятие; и термин письменный (terminus scriptus) — знак того же понятия, выраженный буквами.
Высказывая безграничную веру в силу человеческого разума, Конисский в то же время понимает историческую ограниченность познания. Сам он, не стесняясь высокого профессорского звания, откровенно признается слушателям в том, чего он не знает (например, вопрос о происхождении и природе форм, о природе бесконечного). Однако он глубоко верит в возможности науки и всячески побуждает своих слушателей к познанию тайн природы.
Положительные моменты теории познания Конисского созвучны с теорией познания М. В. Ломоносова и других отечественных прогрессивных мыслителей того времени. Самое важное в этой теории — высокая оценка роли ощущений, чувственного опыта и разума как орудия научного познания. Продолжая и углубляя лучшие традиции Академии, Конисский решительно ограничил в познании значение авторитетов как самого Аристотеля и схоластов, так и Священного писания, выдвинув категорическое требование научно доказательного знания.
