Согласно разработанной в средние века теории, субстанции делились на сотворенные, материальные, и несотворенные, духовные. Существенный признак субстанции — бытие. Конисский считает, что истинным бытием обладает лишь сотворенная, материальная, субстанция, несотворенная, или духовная, лишена бытия. Профессор убежден, что такие категории, как „сущее“, „бытие“, „субстанция“, неприменимы к характеристике бога: „Мы применяем категорию субстанции к богу лишь несвойственно, как нечто аналогичное по отношению к субстанции сотворенной“ (там же). Среди профессоров Киево-Могилянской академии, своих предшественников, Конисский ближе всех подошел к разграничению науки и религии, философии и теологии. Отодвинув вслед за Декартом бога за пределы материальной природы, сведя к минимуму его роль во Вселенной, он тем самым возвысил роль природы, „которая является внутренним принципом действия материального тела, поскольку она соответствует действиям и операциям этого тела, и даже определяется соответствующими принципами присутствия тела, именующимися определенными принципами бытия“ (там же). Хотя Конисский и назвал „ошибкой Спинозы“ отождествление великим голландцем природы и бога, сам он, судя по его определению природы как внутреннего принципа действия материальной вещи, не очень далек от подобного отождествления. При этом природе приписывается могущество, напоминающее всемогущество бога, ибо само собой разумеется, что совершеннейший творец может творить лишь совершенные вещи: „Бог действовал кратчайшим путем и решил не создавать природу, требующую чужого труда, а такую, которая сама себя удовлетворяет“ (там же). В этом смысле природа отождествляется с материей как основой всего сущего: „Здесь будем говорить о природе, — заявляет Конисский, — которая является внутренним принципом действия и будто домом для вещей, а именно: она обусловливает внутренние процессы в вещах и есть не что иное, как материя и форма“ (там же, 166). Такая природа-материя, являясь внутренним принципом действия материальной вещи, сама должна быть активной. Конисский склоняется к мысли, что природа-материя не пассивное творение, она сама выступает как творец, возбуждая в телах различные процессы и являясь их причиной: „Природа является принципом движения и покоя. Это значит: если вещи движутся, их движение обусловливает природа; если покоятся, их покой опять-таки обусловливает природа; и потому движение ли, покой ли имеется в телах, им по своей природе надлежит двигаться или быть в покое“ (там же). Однако такие активные свойства приписывает он не всей природе, а лишь той, которая отождествляется с оформленной материей. О первоматерии он ничего подобного не говорит. Вслед за Декартом, утверждавшим, что материя не имеет активных, деятельных сил, она — сама пассивность, наполненное пространство, которому свойственна лишь протяженность, Конисский остерегается последовательно признавать активность природы-материи: „Первоматерии соответствует название природы, и она сама является пассивным принципом всех изменений и покоя… Если она является принципом всех изменений и покоя, в крайнем случае пассивным, то потому она является природой… В материи происходят все изменения…“ (там же, 167). Понятие активности Конисский безоговорочно применяет лишь для характеристики мира материальных вещей, мира в целом, как реальности материальной субстанции. В этом истолковании его понятие природы близко к пониманию материи у Дж. Бруно и Спинозы.
