Между СМ-9/1 и серийными МиГ-19 существовал ряд отличий. В то время как на борту фюзеляжа, в районе стволов пушек, на СМ-9/1 и СМ-9/2 была большая усиливающая накладка (перекочевавшая с СМ-2), на серийных самолётах она отсутствовала. Первоначальное вооружение СМ-9/1 состояло из двух пушек Н-37Д в корне крыла, а серийные МиГи имели две пушки Н-23 в корне крыла, стволы которых были закрыты обтекателями, и пушку Н-37Д в носовой части фюзеляжа по правому борту, где соответственно появилось отверстие для выброса гильз.
На СМ-9/1 имелся дополнительный переплёт в сдвижной части фонаря. На МиГ-19 фонарь перепроектировали, удалив дополнительный переплет, что улучшило пилоту обзор назад. На законцовке крыла СМ-9/1 находился ПВД, отсутствовавший на МиГ-19. На киле МиГ-19, над строевым огнём была установлена антенна станции оповещения об облучении РЛС "Сирена-2". Кроме того, самолёт получил радиодальномер СРД-1 "Конус", отсутствовавший на СМ-9/1, который был связан и с прицелом АСП-41-1, обеспечивающим прицельную дальность стрельбы в 200 м. В отличие от прототипов на МиГ-19 был установлен небольшой ПВД на правом борту фюзеляжа перед кабиной. Большинство серийных машин также имело небольшую антенну позади ниши передней стойки шасси по левому борту.
МиГ-19 стал первым истребителем ОКБ МиГ, оснащенным тормозным парашютом. Выпускавшийся с помощью пневматики тормозной парашют ПТ-19 диаметром 4,5 метра размещался в контейнере на левом борту хвостовой части фюзеляжа. Парашют позволял уменьшить пробег самолёта с 800 до 600 метров.
МиГ-19 имел фюзеляж полумонококовой конструкции с алюминиевой обшивкой, состоявший из двух частей - носовой и хвостовой. Хвостовая часть крепилась к носовой четырьмя быстроразъёмными болтами и снималась в случае необходимости технического обслуживания или замены двигателей и другого оборудования. Обшивка фюзеляжа в районе выхлопных сопел двигателей была выполнена из листов жаропрочной стали.
Крыло самолёта имело размах 9,19 м и стреловидность 580 по передней кромке и 550 по линии четвертей хорд. Силовой набор каждой консоли состоял из лонжерона с подкосной балкой, 28 нервюр и стрингеров. Элероны и закрылки управлялись с помощью гидравлики. Угол отклонения закрылков составлял 150 на взлёте и 250 на посадке. В отличие от МиГ-17, имевшего три небольших аэродинамических гребня, МиГ-19 имел один гребень высотой 0,31 м на каждом крыле Шасси самолёта было выполнено по классической трехстоечной схеме с носовым колесом. Основные стойки убирались в бок по направлению к фюзеляжу и укладывались в ниши за основным лонжероном крыла. Передняя стойка убиралась вперед по полёту. Все колёса были тормозные. Выпуск и уборка осуществлялись с помощью гидросистемы. Аварийный выпуск шасси мог быть осуществлён с помощью пневмосистемы.
