1-е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);
2-е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);
3-е отделение (ГАУ Красной Армии).
4-й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):
1-е отделение (обслуживало фронты: Карельский, Ленинградский, Волховский, Северо-Западный, Калининский; 7-ю отдельную армию и резервную армию);
2-е отделение (обслуживало фронты: Западный, Брянский, Юго-Западный, Южный и Северо-Кавказский);
3-е отделение (по борьбе с изменой, дезертирством и самострелами, организация заградительной службы);
4-е отделение (редакции военных газет, органы военной прокуратуры, военные трибуналы, Центральный дом Красной Армии (ЦДКА), Дома творчества Красной Армии (ДТКА), ансамбли, оркестры, военные академии).
5-й отдел (майор ГБ Константин Павлович Прохоренко; Главное интендантское управление, Главное санитарное управление, Ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, Главвоенстрой, АХО, Квартирно-эксплуатационное управление, академии):
1-е отделение (Главное интендантское управление, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий, АХО, Управление снабжения горючим, интендантские отделы армий);
2-е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).
6-й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):
1-е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);
2-е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);
3-е отделение (железнодорожные, промышленные и конвойные войска);
4-е отделение (органы военного снабжения войск НКВД).
7-й отдел (А.Ф. Соловьев; оперативный учет):
1-е отделение (действующий учет по управлению особых отделов, отчетность фронтовых особорганов, учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента, особый учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);
