С 11 августа 1941 года эти курсы были переведены на трехмесячную программу обучения. В сентябре 1941 года 300 выпускников Высшей школы было направлено в подразделения военной контрразведки.
Приказом начальника Высшей школы 28 октября 1941 года в Особый отдел Московского военного округа было направлено 238 выпускников курсов. Последняя группа выпускников курсов в количестве 194 человек была направлена в распоряжение НКВД в декабре 1941 года. Затем Высшая школа была расформирована, потом вновь создана.
В марте 1942 года в Москве был организован филиал Высшей школы НКВД. Там предполагалось обучить 500 человек в течение четырех месяцев. Первый набор был произведен из резерва работников Особого отдела НКВД Московского военного округа. В составе Высшей школы этот филиал находился до июля 1943 года, затем был передан в ГУКР «Смерш» НКО СССР. Всего за время войны курсы окончили 2417 чекистов, направленных в армию и на флот[38].
Одновременно шла подготовка кадров для Особых отделов и в самой Высшей школе. Так, в 1942 году большая группа выпускников была направлена в распоряжение Особого отдела Сталинградского фронта. А всего за время Великой Отечественной войны Высшей школой для Особых отделов было подготовлено 1943 человека[39]. По другим данным — 2417[40].
Кадры для военной контрразведки готовили не только в Москве, но и в регионах. Так, в первые недели войны 3-ми отделами военных округов на базе межкраевых школ НКГБ были созданы краткосрочные курсы для подготовки оперативного состава.
В качестве примера расскажем о том, что происходило в Новосибирской межкраевой школе. 1 июля 1941 года был произведен первый набор — 306 курсантов — командиров и политработников Красной Армии. Учебным планом предусматривалось чтение лекций и проведение практических занятий, главным образом по подбору агентуры, работе по первичным сигналам, делам оперативного учета и отработке основных чекистских документов. В конце июля 1941 года произошел первый выпуск Краткосрочных курсов при Особом отделе НКВД Сибирского военного округа. Именно так теперь официально именовались эти курсы.
Второй набор (500 человек, возраст 18–20 лет) на курсы был закончен 29 июля 1941 года. Срок обучения был увеличен до двух месяцев. Все выпускники после окончания обучения были направлены в действующую армию.
В сентябре — октябре 1941 года произведен третий набор — 478 человек. Теперь большинство курсантов — ответственные работники райкомов, обкомов и политработники Красной Армии.
