4-й отдел — работа на стороне противника для выявления агентов, забрасываемых в части Красной Армии (начальник — полковник госбезопасности Петр Петрович Тимофеев);
5-й отдел — руководство работой органов «Смерш» в военных округах (начальник — полковник госбезопасности Дмитрий Семенович Зеничев);
6-й отдел — следственный (начальник — подполковник госбезопасности Александр Георгиевич Леонов);
7-й — оперативный учет и статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверка работников, командируемых за границу (руководитель, полковник А.Е. Сидоров, видимо, был назначен позднее, т. к. в приказе от 29 апреля 1943 года данные отсутствуют);
8-й отдел — опертехники (начальник — подполковник госбезопасности Михаил Петрович Шариков);
9-й отдел — обыски, аресты, наружное наблюдение (начальник — подполковник госбезопасности Александр Евстафьевич Кочетков);
10-й отдел (отдел «С») — работа по особым заданиям (начальник — майор госбезопасности Александр Михайлович Збраилов);
11-й отдел — шифровальный (начальник — полковник госбезопасности Иван Александрович Чертов).
Также имелись политотдел, состоявший из начальника — полковника Никифора Матвеевича Сиденькова и машинистки; аппарат 16 помощников (по числу фронтов) начальника ГУКР (69 человек, по должности — начальников отделений, старших оперуполномоченных и их помощников); административно-финансово-хозяйственный отдел (начальник — подполковник госбезопасности Сергей Андреевич Половнев); отдел кадров (начальник — полковник госбезопасности Иван Иванович Врадий) и секретариат (полковник Иван Александрович Чернов).
Численность центрального аппарата ГУКР «Смерш» НКО составляла 646 человек[18].
Заместителями начальника УКР «Смерш» НК ВМФ были генерал-майоры береговой службы Алексей Павлович Лебедев и Сергей Григорьевич Духович.
Органам «Смерш» в Действующей армии была определена штатная численность сотрудников. Управлению фронта, насчитывавшего более пяти армий, полагалось 130 сотрудников, не более четырех армий — 112, армейским отделам контрразведки — 57, отделам контрразведки военных округов — от 102 до 193, причем наиболее многочисленным был ОКР «Смерш» Московского военного округа. Также были приданы войсковые соединения, охранявшие места дислокации органов военной контрразведки и фильтрационных пунктов, конвоировавшие арестованных военнослужащих Красной Армии. Так, ОКР «Смерш» бригады, дивизии и корпуса располагал для этих целей взводом, армейский отдел — ротой, управление фронта — батальоном.
