В 1904, а затем и в 1905 годах Сиддханта Сарасвати путешествовал по Южной Индии, посетив такие места, как Тирупати, Шрирангам, Сингхачал, Радж Махендри, Мадрас, Перамбадур, Конджеварам, Кумбхаконам и Мадурай. В Перамбадуре он получил от Рамануджи триданди Свами полную информацию о ритуалах и правилах ведической триданда вайшнава-санньясы. Куда бы ни приводили его путешествия, он всегда давал лекции, писал, дискутировал с учеными пандитами того времени. Вскоре он приобрел такую репутацию, что одно его имя вселяло страх в сердца оппонентов. Фальшивые культы и секты были обречены.
Однако в Пури Сиддханта Сарасвати подвергался столь сильному притеснению и порицанию за свою проповедь против рифмованных киртанов и теории сакхибхеки столь популярного Радхараманачарана даса Бабаджи, что в конце концов Шрила Бхактивинода Тхакур приказал ему отправиться в Йогапитху — место рождения Шри Чайтаньи Махапрабху — и заняться там бхаджаной.
В 1905 году, тридцатиоднолетний Сиддханта Сарасвати, следуя примеру Намачарьи Харидаса Тхакура, принял великий обет повторения трех лакхов Имен (192 круга) в день. Он вычислил, что если повторять ежедневно триста тысяч имен, за девять лет он произнесет Имена Господа десять миллиардов раз. Четыре года он провел в хижине из травы в Йогапитхе, а в феврале 1909 года построил домик во Враджапаттане (одном из городов Враджи) недалеко от Йогапитхи, рядом с домом Чандрашекхары Ачарьи, дяди Шри Чайтаньи Махапрабху. Это место считается не отличным от берегов Радха-кунды и здесь он непрерывно повторял Святые Имена: Харе Кришна, Харе Кришна, Кришна Кришна, Харе Харе, Харе Рама, Харе Рама, Рама Рама, Харе Харе. Он строго следовал своему обету и соблюдал Чатурмасью, готовя рис (высушенный на солнце) в гхи и поедая его прямо с земли, как корова. Он отдыхал, ложась на голую землю, никогда не пользовался подушкой и постоянно повторял джапу или изучал священные писания. Видя такую отрешенность, его Гурудева, Шрила Гаура Кишора дас Бабаджи сказал: «Я вижу, как в моем Прабху проявляется отрешенность Рупы Рагхунатхи». Он имел обыкновение обращаться к своему ученику: «мой Прабху».
Шрила Прабхупада, рассказывал об этом периоде его жизни: «С самого детства он был строгим брахмачари — Бхактисиддханта Сарасвати Махараджа. Он прошел суровые аскезы, чтобы начать это движение, мировое движение. Такова была его миссия».
Когда крыша его кутира прохудилась, то, чтобы не прерывать своей