В возрасте одиннадцати лет, когда Бимала Прасад учился в пятом классе, он разработал род стенографии под названием Бичанто. В это же время он вместе с отцом совершил паломничество по святым местам.
Когда мальчик учился в седьмом классе (что соответствует нынешнему восьмому), то есть, когда ему было около тринадцати лет, Шрила Бхактивинода Тхакур привез из Джаганнатха Пури четки из туласи, дал своему сыну имя Хари и велел ему повторять мантру Нрисимхи, продолжая поклоняться Божеству Господа Курмы, что тот и исполнял с величайшей верой, следуя наставлению своего отца.
В возрасте шестнадцати лет, когда Сиддханта Сарасвати еще был школьником, серьезной частью его занятий стало изучение книг Шрилы Бхактивиноды Тхакура. Кроме того он начал писать книги по астрологии и в то же время организовал Чиракумара Сабху или «Августовскую Ассамблею» для друзей, с которыми регулярно встречался на Площади Бейдон в Калькутте. Члены Ассамблеи, которым вменялось в обязанность соблюдать целибат, обычно обсуждали темы, относящиеся к религии. Цель этого Общества состояла в том, чтобы дать людям возможность серьезно заниматься поклонением Господу и не привязываться к семейной жизни. Но Бимала Прасад был единственным человеком, который соблюдал свой обет безукоризненно.
В 1892 году в возрасте восемнадцати лет, он сдал вступительные экзамены и поступил в Санскрит Колледж в Калькутте. Как и раньше, он не уделял особого внимания обязательной программе, но находил время читать все философские книги, какие только были в библиотеке.
Во время каникул в колледже он сошелся с ученым по имени Шринжга Притхвидхара Шарма, с которым обсуждал Веды. Хотя Сиддханта Сарасвати получил хорошую подготовку во всех шести областях ведического знания: шикша (произношение), кальпа (последовательность ведических жертвоприношений), вьякарана (грамматика, особенно использование корней, грамматическое изменение слов и предложений), нирукта (значение спряженных и корневых слов), чандах (произнесение ведических мантр) и джотиша (астрологические и астрономические вычисления), все же он решил обратиться к Пандиту Притхвидхара Шарме для углубленного изучения вьякараны. Пандит оценил его достижения и посоветовал ему посвятить остаток жизни изучению Сиддханты Каумуди. На это Сиддханта Сарасвати ответил: «Моя жизнь отдана единственно развитию учения Шри Чайтаньи, она не может быть посвящена культивированию грамматики. Для меня изучение Вед и их дополнений — не главное».