В декабре 1914 г. Чертковы покинули Телятинки и переселились на постоянное жительство в Москву, в Лефортовский переулок. Империалистическая война вновь обострила вопрос о военной службе для всех тех, кто не считал возможным, по своим религиозным убеждениям, отбывать воинскую повинность и в мирное время. На попечении Чертковых оказались уже не десятки, а многие сотни людей, принадлежавших к разным сектам или руководимых личными воззрениями, которые терпели за отказ от участия в войне жестокие преследования царского правительства. Хлопоты о смягчении их участи, нравственная поддержка их посредством переписки с ними, материальная помощь заключенным в тюрьмах, вместе с продолжающейся работой по упорядочению литературного наследия Толстого и завершения свода его мыслей, заполняли всё время Черткова.
Вопрос о судьбе отказывающихся от военной службы разрешился в благоприятном для них смысле только после революции. К концу 1918 г. по инициативе Черткова образовался внецерковный «Объединенный совет религиозных общин и групп», объединившихся «на почве защиты свободы совести в связи с отказами от воинской повинности», который избрал Черткова своим председателем. В декабре 1918 г. состоялось свидание Черткова с Лениным, который отнесся к задачам возникающего «Объединенного совета» с живым интересом и вниманием. Результатом этого явился декрет Совета Народных Комиссаров от 4 января 1919 г. «об освобождении от воинской повинности по религиозным убеждениям», в котором говорилось: «1. Лицу, не могущему по своим религиозным убеждениям принимать участие в военной службе, предоставить право по решению Народного суда заменить таковую на определенный срок призыва его сверстников санитарной службой, преимущественно в заразных госпиталях, или иной соответствующей общеполезной работой по выбору самого призываемого. 2. Народный суд при постановлении своего решения о замене воинской повинности другой гражданской обязанностью запрашивает экспертизу московского «Объединенного совета религиозных общин и групп» по каждому отдельному делу. Экспертиза должна простираться как на то, что определенное религиозное убеждение исключает участие в военной службе, так и на то, что данное лицо действует искренно и добросовестно...». Таким образом «Объединенному совету» была поручена очень ответственная обязанность. Он просуществовал до 1921 г., дав за это время свою экспертизу по делам об отказе от воинской повинности более 6000 раз.
