В 1862 г. Толстой, помимо школы и посредничества, был занят также изданием педагогического журнала «Ясная Поляна». После выхода первого номера журнала он пишет письмо Чернышевскому и просит его высказать свое мнение о «Ясной Поляне». В третьем номере «Современника» за 1862 г. появилась рецензия на первые два номера журнала и на «книжки для детей». Чернышевский, высказывая свое сочувствие принципу свободы в образовании, на которой особенно настаивал Толстой, высказался отрицательно о педагогических идеях писателя, развитых им в статьях первого и второго номеров «Ясной Поляны», полагая, что он не знает, «чему и как учить», считая его мысль о постоянном противодействии народа образованию ошибочной. Критик находил, что и в содержании рассказов для чтения «отразился недостаток определенных убеждений, недостаток сознания о том, что нужно народу, что полезно и что вредно для него», рассказы ему понравились лишь с чисто языковой стороны: «Хорошо в них изложение. Оно совершенно просто; язык безыскусственен и понятен».
Школьная и посредническая деятельность Толстого вызвала установление за ним тайных наблюдений со стороны агентов Третьего отделения, которые завершились обыском в Ясной Поляне 6—7 июля 1862 г. Толстой находился в Башкирии, но, узнав об обыске, он пишет в конце июля и в августе гневные письма двоюродной тетке А. А. Толстой, в которых высказывает свою «злобу и отвращение» к «милому правительству» и к «разбойникам», состоящим у него на службе — Потаповым, Долгоруким, Аракчеевым. Эти письма примечательны не только силой выраженного в них чувства оскорбленного личного достоинства, но и прямой тревогой за свою репутацию в народе, мнением которого он дорожил уже в эти годы. Толстого мало беспокоит то обстоятельство, что обыск вызвал «стон восторга» у помещиков, главное «испорчена» вся его деятельность по линии народного просвещения, народ уже не может относиться к нему с прежним доверием. «Народ смотрит на меня уже не так, как на честного человека, мнение, которое я заслуживал годами, а как на преступника, поджигателя или делателя фальшивой монеты, который по плутоватости увернулся».
Толстой готов пойти на крайние меры: встретить жандармов оружием, навсегда уехать из России. 22 августа 1862 г. он обращается с письмом к Александру II, стремясь открыть «царю-батюшке» глаза на «злодейства» его дурных слуг. В результате Толстому было разъяснено, что главной причиной обыска явилось проживание в Ясной Поляне «молодых людей» без «письменных видов на жительство».
