Вышинский был председателем КИ всего три месяца. В большей степени «свадебный генерал», нежели реальный руководитель, он сам признавался, что «не имеет ни малейшего представления о порученном ему деле»[96]. Валериан Зорин, заместитель министра иностранных дел, прослужил дольше, однако по-настоящему КИ руководил заместитель председателя Петр Федотов, как прежде управлением внешней разведки ГБ. Федотов, который был начальником Управления внешней разведки МГБ до перехода в КИ, был заменен в 1949 году на посту заместителя начальника Сергеем Савченко. В конце 1951 года, после шока, связанного с арестом Абакумова, бывшее Управление внешней разведки ГБ было изъято из КИ и отдано МГБ как Первое Главное правление. Соответственно, новый министр государственной безопасности Семен Игнатьев стал подписывать доклады, направляемые Сталину и Политбюро[97].
Интересно отметить, что инициативы КИ в начале 50-х годов имеют отношение в первую очередь к американцам. 3 феврале 1950 года и в сентябре того же года (в июне началась корейская война) КИ объявил, что разведывательная работа против Соединенных Штатов «становится главной задачей центрального аппарата и всех резидентур КИ в капиталистических странах». В марте 1951 года Соединенные Штаты были определены КИ как «главный противник». Разведывательная работа против Америки не была «краткосрочной мерой, но представляла основное содержание деятельности в течение долгих лет». Многие из решений СИ определяли работу внешней разведки ГБ, когда о КИ уже давно забыли[98].
В начале 1951 года КИ начал сбор научной и технической информации. Он анализировал научно-технические разведывательные операции и принимал решения, которые стали основой добывания секретных документов так же, как реально существующих моделей оружия из «лидирующих научных и технических секторов капиталистических стран». Важная информация о ядерном оружии уже была получена прежде, однако работа КИ в это время подстегнула рост научно-технических операций зарубежных резидентур КГБ в 60 —70-х гг. и позднее[99].
Несмотря на то, что руководителям КИ не удалось соединить государственную безопасность и военную разведку в единый организм, самые большие трудности КИ связаны со взамоотношениями с контрразведкой МГБ в Москве и за рубежом. Первый приказ о создании КИ сделал его также ответственным за «работу контрразведки за рубежом». Это означало, что отделы МГБ, традиционно связанные с контрразведкой за рубежом, отошли к КИ наряду с теми, которые занимались политической и научно-технической разведкой. Эти отделы отвечали за безопасность советских граждан, работавших за границей, контролировали активность советских эмигрантов, осуществляли связь со службами безопасности стран «народной демократии». Все эти отделы, а также внешняя контрразведка МГБ, работали в тесном сотрудничестве друг с другом, и их разделение привело к серьезным проблемам, особенно в заграничных резидентурах
