Однако в разумном государственном устройстве был один изъян, связанный с передачей власти. Точно неизвестно, планировал ли Манко Капак изначально стать основателем династии, однако даже если и не собирался, обстоятельства были таковы, что он не мог этого избежать, так как простой народ, обожествлявший своего правителя, был уверен, что наилучшим правителем вслед за ним может быть только один из его сыновей. Однако понимая, что его потомки будут не обязательно таковы, как хотелось бы, он завещал, чтобы из его сыновей выбирали достойнейшего, а если достойного не окажется, то пусть выберут любого другого достойного человека.
Пока государство инков умещалось в одной горной долине, ещё можно было делать всеобщие выборы, но как только оно расширилось, выбирать уже могли только инки. Потом, когда страна стала ещё больше и уже далеко не все инки хорошо знали друг друга и потому не очень могли сказать кого можно считать достойным, а кого - нет, сложилась такая практика, что Первый Инка старался сам оценить способности своих сыновей, и сам предлагал наиболее способного, однако без утверждения инков власть преемника не считалась законной. В случае, если Первый Инка по каким-то причинам не доживал до того момента, когда мог порекомендовать одного из сыновей в качестве своего преемника, важной становилась его последняя воля, высказанная на смертном одре.
Такая система существовала до конца правления Уайна Капака и продолжалась бы дальше, если бы не эпидемия оспы, скосившая и Сапа Инку, и многих из его воинов, и наследника Нинана Куйочи.
Надо сказать, что присоединение Кито с окрестностями вызвало в старой столице своего рода отрицательный отбор среди управленцев. Самые энергичные, способные, готовые к трудам и неудобствам, ставящие дела выше личных интересов переехали обустраивать новую область, а в столице остались самые ленивые и капризные в плане комфорта, мечтавшие, чтобы суровый надзор над всем государственным аппаратом был ослаблен, что было возможно только при условии введения элементов рынка в экономику. Естественно, эти люди хотели продвинуть на престол такого Сапа Инку, который бы выполнил эти их чаянья. Таким человеком они сочли наместника Куско Уаскара, человека весьма честолюбивого, однако большой любовью у своего отца не пользовавшегося, ведь даже наместником Куско тот согласился сделать его с большим скрипом. Не успело известие о смерти Нинана Куйочи официально подтвердиться, как Уаскар в наглую напялил на себя алое льяуту, объявив, что Сапа Инка теперь он. (На основании того, что он не стал даже дожидаться подтверждения факта смерти основного наследника и при этом уже знал, что от оспы изредка всё-таки выздоравливают, иные подозревали, что он, не надеясь на оспу, приказал отравить брата, но ни подтвердить, ни опровергнуть это впоследствии не удалось).
