Протестанты убивали значительно меньше, чем католики, ибо, как утверждает Дени Крузе, были убеждены, что свет евангельских истин позволяет сопротивляться злу, «которое не может совладать с силой божественного провидения». И, как пишет далее историк, «напротив, насилие, творимое католиками, принимало особенно широкие масштабы именно потому, что охвативший всех эсхатологический страх заставлял людей постоянно думать о конце света и убеждать себя, что после смерти Господь признает своих».
Но хотя на счету протестантов меньше человеческих жертв, есть основания говорить о целенаправленном истреблении протестантами католических священников. Об этом свидетельствуют события, произошедшие в 1561 году в Лионе, Еиени и в аббатстве Святого Медара в Суассоне. В июле 1563 года в Орлеане был убит кюре церкви Сен-Патерн. В ноябре 1562 года в Питивье солдаты Конде пощадили солдат-католиков, но перебили всех католических священников за то, что те призывали горожан не сдаваться на милость победителя. В Келюсе глашатаи ходили по городу и громко возвещали о том, что запрещено убивать «всех, кроме священников». В Вире все священники, монахи и церковники были повешены.
Священников часто подвергали позорной казни через повешение, протестанты считали такую казнь справедливой карой. Однако нередко над священниками учиняли расправы, отличавшиеся изощренной жестокостью. Например, в Лаворе двух священников повесили на колокольне, четырех монахов-кордельеров убили, а церковного сторожа подвергли пыткам: сначала отрезали нос, потом половой член, который вложили в правую руку, и только потом убили. В сентябре 1562 года в Маконе приор якобинского монастыря был задушен, а привратника монастыря кордельеров смеха ради заставили проделать поистине крестный путь, во время которого его подвергали варварским пыткам: у ворот Сент-Антуан ему отрезали одно ухо, у следующих ворот — другое ухо, затем ему поочередно отрезали кончики пальцев и наконец отрезали нос. На Рыночной площади ему подпалили ступни и кастрировали его. На мосту через Сону «его постыдные части» были брошены в реку.
Протестанты, похоже, испытывали животную ненависть к священникам, монахам и вообще всем церковникам. Они приписывали им все смертные грехи и обвиняли их в подстрекательстве: дескать, они отговаривают католиков переходить в новую, правильную веру. Подобные чувства толкали протестантов на кровавые расправы над церковниками.
Сами солдаты практически никогда не становились зачинщиками массовых кровопролитий, хотя их командиры, такие как барон Адрет или Блез де Монлюк, повсюду сеяли панику среди населения. Но это же самое население в большинстве случаев само учиняло жестокие расправы над своими идеологическими противниками.
