Сигналом к возобновлению военных действий стали осада Парижа и сражение при Сен-Дени, состоявшееся 10 ноября 1567 года. В этом сражении погиб старый коннетабль Монморанси. Командование королевскими армиями было передано герцогу Анжуйскому, юному брату Карла IX и будущему королю Генриху III. Опекать неопытного полководца было поручено испытанным воинам, таким как герцог Немурский, герцог Монпансье и маршал де Косее.
23 марта 1568 года в Лонжюмо был подписан мир, но это оказалось лишь временное затишье. Екатерина обвинила канцлера Мишеля де Лопиталя в излишне мягком обхождении с гугенотами. 24 марта 1568 года у канцлера отобрали печати и предложили ему удалиться к себе в поместье, расположенное вдали от Парижа. Час примирения, символом которого являлся Лопиталь, миновал. Екатерина Медичи сменила политику и ясно дала поняты теперь она берет в союзники исключительно католическую партию.
В провинциях, расположенных в центре и на западе Франции, в окрестностях Ла-Рошели, куда прибыли Жанна д'Альбре со своим сыном (будущим королем Генрихом IV), конфликт разгорелся вновь. Наставник герцога Анжуйского, маршал де Таванн, королевский наместник и главнокомандующий королевских армий дал протестантам сражение неподалеку от Жарнака. 13 марта 1569 года Конде был ранен, взят в плен, и Монтескью, капитан гвардии герцога Анжуйского, добил его. Другие вожди протестантов также были предательски убиты. И все поняли, что в этой войне, в отличие от войны 1562 года, принципы уступили место разгулу насилия.
Жестокие бои разгорелись при осаде Пуатье, где отличился молодой герцог Генрих Гиз, прославившийся также в битвах при Монконтуре, Ниоре и Сен-Жан-д'Ажели. Военные действия завершились восстановлением порядка, о чем 8 августа 1570 года в Сен-Жермене был издан соответствующий эдикт. В нем повторялся ряд положений Амбуазского эдикта, признавалось право на свободу совести и отправления культа во всех тех местах, где дозволялось и до войны, то есть в предместьях двух городов в каждой провинции и в жилищах сеньоров с правом высшего суда. Появлялись также дополнительные гарантии: протестантам передавалось четыре укрепленных города: Ла-Рошель, Монтобан, Ла-Шарите и Коньяк, куда они могли отвести свои войска.
Варфоломеевская ночь: неразрешимая проблема
После войны Екатерина Медичи и Карл IX продолжили свою миротворческую политику, символами которой стали два примечательных решения: включение в состав королевского совета адмирала Колиньи, ставшего главнокомандующим протестантских армий, и брак Генриха Наваррского, наследника старшей ветви Бурбонов, сына Антуана и Жанны д'Альбре, со старшей сестрой короля Маргаритой Валуа (королевой Марго), дочерью Генриха II и Екатерины Медичи. Как известно, последствием этой свадьбы, на которую в Париж прибыл весь цвет дворян-протестантов, стала резня, устроенная в ночь святого Варфоломея.
