Но король желал не только убедиться в правильной работе парламентов, он проявлял интерес к функционированию других институтов, к поведению чиновников в округах. Он наводил порядок в городах, управляемых ненадежными олигархиями, которые во время Первой религиозной войны сдавали города протестантам, даже не попытавшись оказать сопротивление. Эдикт Кремье (1564), действие которого распространялось на все населенные пункты, где находились резиденции архиепископов, епископов, парламентов и президиальных судов, позволял властям осуществлять контроль над деятельностью магистратов. Монарх вмешивался в дела многих городов, в частности таких, как Труа, Вьенн, Гренобль, Экс, Марсель, Ним, Монпелье, Тулуза, Ош, Бордо, Байонна, Нерак, Ла-Рошель, Нант; он укреплял свою власть и стремился исполнить пожелания подданных. Например, в Провансе пожелание сохранить только консулов-католиков было исполнено, но в Шалоне-на-Марне монарх отказался выполнить пожелание совета запретить протестантам исполнять публичные должности. Таким образом он пытался установить согласие посредством мер, казавшихся ему наиболее подходящими для каждой конкретной ситуации в отдельности. В Нераке, вотчине сторонников Реформации и столице королевы Наваррской Жанны д'Альбре, он установил паритет между католиками и протестантами, занимавшими должности консулов и чиновников городского правления.
Король выступал защитником городских вольностей, оказывал максимальную поддержку независимым муниципалитетам — например, в Лимузене. Во время поездки король, повсюду завязывая личные отношения с городской буржуазией, не гнушался приехать на обед в поместье или особняк влиятельного нотабля.
Такую же политику проводил он и в отношении провинциальных дворян, ибо всего лишь 15% этих дворян регулярно приезжали ко двору и служили в армии. Для дворян, проживавших в провинции, равно как и для чиновничьей и городской элиты, визит короля был удачной возможностью поговорить с монархом. И дворяне охотно использовали ее: снимались с насиженных мест и отправлялись на встречу с королем. Государь внимательно выслушивал их просьбы, стараясь не уступать давлению со стороны местных властей, нередко убеждавших его отказаться от проводимой им политики примирения. Наглядный пример тому дает визит короля в Тулузу, где монарх наотрез отказался идти на уступки местным властям. В Каркасоне король узнал, что около тысячи дворян из Гиени и Гаскони съехались в Тулузу, чтобы просить его отменить Амбуазский эдикт и изгнать протестантов из королевства. После продолжительного обмена грамотами, монарх в конце концов согласился вступить в столицу Лангедока, не дожидаясь, пока неугодные ему дворяне покинут ее. Он даже дозволил этим дворянам присутствовать на церемонии торжественной встречи его персоны при въезде в город, однако категорически запретил им критиковать его политику. Инцидент завершился компромиссом: Карл IX не намеревался сжигать мосты в отношениях с антагонистическими группировками королевства, а, напротив, стремился выступать в роли арбитра и миротворца.
